海嘯發生後一天，印尼軍隊總司令蘇達爾托向叛軍組織自由亞齊提出了有限的停火建議，並被叛軍接受。自1976年以來，自由亞齊一直在為這一擁有豐富原材料的省份的獨立而戰鬥。自2003年以來，印尼政府在亞齊實行了戰爭法。迄今死於當地血腥衝突的已有1萬2千多人。海嘯發生前，印尼在當地駐軍達5萬。

然而，並不是所有的駐軍目前都投入了人道救援行動。著名的印尼日報「雅加達郵報」報導說，針對叛軍的軍事行動仍在繼續。該報援引軍隊發言人納赫羅維中校的話說，「我們在這裡肩負著兩種任務：人道救援和保障安全。」納赫羅維在回答法新社記者提問時表示，「我們繼續向叛軍控制地區的涉嫌叛亂分子發動進攻，我們將繼續保持高度的戒備。」

但同時，駐紮在亞齊的士兵也將相當一部分時間投入救災行動當中。據「雅加達郵報」和印尼安塔拉通訊社報導，在沒有受到海嘯侵襲的亞齊省的東部展開了規模較大的軍事行動，3名叛亂分子被打死，訪問被焚毀。印尼人權活動家阿古斯萬迪證實了這一情況：

「我們今天剛剛聽到的報導是，亞齊軍隊最高指揮說並沒有像總統宣佈的那樣實現了停火。總統發出的是停火的呼籲。我認為，這充分顯示了軍隊的傲慢，也體現了亞齊一個典型的現象，即不論什麼事情，總是軍隊說了算。總統、副總統和其他的內閣成員都發出呼籲，要將全部精力投入救助受災百姓的行動，但軍隊卻繼續其軍事行動，並由此左右政治，這簡直就是傲慢。」

海嘯發生後，印尼新總統尤多約諾就呼籲叛軍放下武器，並通過談判來尋找解決衝突的辦法。上周二，印尼政府在亞齊解除了戒嚴法，並允許國際救援組織暢通無阻地進入災區。在此期間，外國記者也可以沒有特別許可進入亞齊進行報導。

印尼政府對亞齊的新政策看來還沒有傳到當地士兵那裡。不過海嘯確實完全改變了亞齊的局勢。人權組織「印尼觀察」的主席弗羅爾認為：「一方面我估計，交火前線相對的平靜說明海嘯使印尼軍隊和叛亂分子的行動陷入了癱瘓，他們都必須重新整理自己的隊伍。另一方面人們自然要問的是，亞齊長期以來的內戰局面還會持續多久。對此我深表懷疑。目前有數千名美國士兵、林肯號航空母艦、來自澳洲、新加坡和德國的士兵駐紮在這裡，打破了當地多年來與世隔絕的局面，並吸引了國際社會的注意。現在如此眾多瞭解情況的觀察員來到了亞齊，那些當地的小小的衝突是否還能繼續下去呢？我對此表示懷疑。」