這次讓台灣國民黨主席，現任台北市長馬英九惹上麻煩的是台灣政治制度內的一項特別費用，首長特支費。按照台灣媒體的相關報導，馬英九的特別費用報銷出現瑕疵。根據相關規定，政府中央各機關首長、副首長等人員特別費，是為因公招待、饋贈及獎賞而所需的支出費用，屬於公共關係費性質。特別費的報銷需要原始發票，而如果有部分費用卻是無法取得原始憑證或者發票的話，首長或者副首長可以用簽字的方式申領，但是這筆無需發票的款項最高不得超過特支費總額的50%。台灣的政府機關首長們為什麼需要特支費，為什麼可以在沒有發票和單據的情況下報銷其中的一半呢？台灣政治大學教授楊永明解釋說：

「特支費有一半不需要單據，這是台灣習慣之下的一個特殊會計制度的產物。台灣首長會出席很多婚喪喜慶，因此給很多紅白包，都沒有辦法得到單據。在這種情況下，不可能讓首長自己出錢，否則的話，他甚至可能破產。所以會計制度認為這筆錢用在這些部分，不需要單據。這是習慣之下的一個產物。」

不過台灣檢察單位這次對馬英九的首長特支費進行調查卻並不是因為沒有簽字就拿錢。根據媒體報導，本案起因是台北市長辦公室的一位前工作人員在任內因為怕麻煩，而用數額較大的假發票代替一些零碎的小發票報銷，可能涉嫌偽造文書罪。而馬英九本人也因此而被檢方約談，瞭解案情。這起案件被披露之後，馬英九團隊立即做出了反應。馬英九本人通過召開新聞發布會的方式聲明，自己使用首長特支費完全按照規定，與其他6000多名有權享受特支費待遇的官員相同。如果指控他貪污的話，那其餘6000多名官員也同樣難辭其咎。此外，馬英九台北市長辦公室主任鄭安國已經以督導下屬不利為由，提出辭呈。市長辦公室秘書長李述德也請求處分。

馬英九首長特支費風波之所以造成如此大的影響，有幾個重要因素。首先，總統陳水扁及其家人的總統機要費風波仍未平息，作為在野黨領袖，公認的2008年總統選舉最有力競爭者馬英九出現經濟瑕疵，自然引起公眾關注。此外，12月9日就要進行台北和高雄兩個重要城市的市長和市議會選舉。在這個緊要關頭，任何政治高層的風吹草動都有可能對選情產生衝擊。台灣政治大學楊永明教授分析說：

「這起事件在政治層面的影響真的是比較難以直接評估。我想至少它會給於民進黨或者泛綠方面的支持者有理由認為，天下烏鴉一般黑。馬英九也會讓這種事件發生。如果最後證明馬英九在這個問題上沒有直接錯誤，檢察官沒有起訴他的話，那國民黨以及他的支持者應該不會過於追究，會原諒馬英九在這個問題上的監督不周。可是，民進黨一定會繼續拉著這個問題，把馬英九與陳水扁做對比。」