中國愛國天主教會副會長劉柏年在世界青年節開幕前表示，1995年馬尼拉世界青年節期間令人不快的一幕絕不能重演。當時爭執焦點是懸掛中國大陸的國旗，還是懸掛台灣的青天白日旗。這位親北京政府的天主教愛國會副會長強調指出，梵蒂岡必須放棄與台灣的外交關係，承認中華人民共和國是中國的唯一合法政府，二是不要干涉中國內政。只有這樣，北京與梵蒂岡的關係才有望改善。

在中國共產黨奪取政權、成立中華人民共和國後不久，中國大陸斷絕了與梵蒂岡的外交關係。從此以後，中國大陸實際上存在著兩個教會組織，其一是受到國家控制的「天主教三自愛國會」，它雖然承認羅馬天主教皇為宗教領袖，但拒絕承認他為自己教會的教宗，其主教均由北京政府任命；另一個天主教會組織是親羅馬的「地下教會」，其信徒受到中國國家迫害。儘管沒有官方統計數字，但觀察員估計，地下教會的成員大約有八百萬之多，天主教愛國會的會員人數為530萬。

北京政府表示，只要梵蒂岡不斷絕與台灣的外交關係，梵蒂岡與北京之間就不存在恢復外交關係的可能性。數年前，梵蒂岡就明確表示，願意與北京政府在建交問題上尋求一致。然而，在本篤十六世當選羅馬天主教新教皇之後，中國大陸與梵蒂岡的關係似乎朝著這個方向邁出了新的步伐，在第二個爭執點上也有所進展：梵蒂岡認為，唯有梵蒂岡有任命主教的權利。而北京政府則因擔心發生諸如東歐所經歷的政治教會運動，堅持對所有國內的宗教組織實行監控，並要求在任命主教時擁有共同決策權。6月初，梵蒂岡與北京政府意外地就任命上海新的輔理主教約瑟夫邢文之達成一致。一個月之後，梵蒂岡與北京政府經協商之後，又在西安任命了一位新主教。

香港教區主教陳日君表示，這是一大進步。他說：「由梵蒂岡任命了兩名中國主教並獲得了北京政府的認可的確是件可喜的事情。更為重要的是：任命主教一事完全公開，過去則不然，儘管梵蒂岡任命了主教，但外界卻一無所知。我認為，這是一個進步。」同時，香港教區主教陳日君也指出，中國的天主教會一直受到嚴格的監控，許多信徒受到迫害。北京政府擔心，中國大陸會出現由國外操控的群眾運動，例如受到國外支持的法輪功組織等。香港教區主教陳日君認為，即便是新當選的本篤十六世也無法改變這一現狀。所以，他對發生根本性的變化並不很樂觀，因為「北京政府官員不會輕易放棄手中的權利。」

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