"台灣外交部長說，且不談台灣的主權問題，在民主體制下，政府不可能對公民說該做什麼。台灣政府不能指示警察沒收觀看火炬傳遞的民眾手中的旗幟，除了民主國家外，只有威權國家才會這樣做。台灣尊重言論和表達自由。

火炬路線從一開始規劃起，台灣與中華人民共和國之間就發生了爭執。台灣政府要避免產生台灣是中國一部分的印象，而北京政府正希望帶來這樣的效果。台灣要求火炬從第三國進入台灣，然後從台灣進入另一個第三國。

中國政府聲稱，台灣本來同意了火炬傳遞計劃，而台北說，台灣先前就宣佈反對，但是北京的中國奧運籌委會仍然公佈了這一計劃，把台灣稱為中國內部傳遞路線的起點。達成的妥協是把台灣作為『海外路線』的一部分。台灣政府人士對中國的『不道德談判方式』表示憤怒，對能否取得新的妥協表示懷疑，但宣稱談判的渠道仍然是敞開的。」

台海兩岸政治上陷入僵局，但廈門與金門之間的「小三通」卻很興旺。德國金融時報記者從金門觀察了台灣與大陸的經濟關係：

「金門的女導游李秀燕希望有更多的中國遊客遊覽金門這個風景如畫的海島。她說：『對我們來說，屬於中國還是屬於台灣都無所謂。』但在主島台灣，從來聽不到這樣的話。那裡的人對自己的身份和七十年代以來建成的民主很自豪。儘管台灣人政治上對中國不信任，但他們都願意簡化與大陸的經濟關係。

北京不承認台灣擁有主權，想把跨越邊境的交易視為國內貿易。台灣為了防止被併吞，對商品流通和交通實行限制。台灣企業不能把最新技術帶到中國，投入資本也有限制。但中國市場的誘惑很大：八十年代以來，台灣企業在大陸向五萬個項目投資了八百億美元。為了在中國取得成就，企業家們背離了台灣故鄉。

在台灣立法院和總統選舉之前，與大陸的關係成了熱門話題。反對黨候選人馬英九許諾，一年內促成飛機直航。台灣政府受到巨大壓力，與中國商定的直航和方便中國遊客到台灣旅遊的協定因一些提法已掛了數月，台北認為這些提法有歧視台灣的含義。」