在峇里島爆炸案凶手被執行槍決之後，印度尼西亞在全國範圍內大幅度加強了安全警戒。據媒體報導，僅在渡假勝地峇里島上就投入了超過3500名警力。伊斯蘭極端分子已經宣稱要採取報復行動，甚至威脅要謀殺總統蘇西洛。而位於雅加達的澳洲和美國大使館也在最近幾天收到了炸彈襲擊的恐嚇。

上周日，包括穆斯林強硬派在內的數千人參加了三名峇里島爆炸案凶手的葬禮。前一天午夜，這三人分別在三個地方同時被執行槍決。阿姆魯齊和他的兄弟穆克拉斯的屍體被直升機運到東爪哇的滕古倫村，而伊馬姆‧薩穆德拉的屍體則被送到西爪哇的西冷。

在棺木抵達各自目的地的時候，恐怖分子支持者和安全部隊發生衝突。大量西冷居民舉著標語走上街頭，宣稱峇里島爆炸案製造者是"殉道者"。但是也有一些村民對於恐怖分子並不抱同情態度，有人說："這次處決是執行法律。我們不會因此而指責政府。不管這些人來自哪裡，如果他們被判決有罪的話，就應該受到處罰。"

鑑於恐怖襲擊危險升高，澳洲政府警告國民暫時不要前往印尼。2002年發生的峇里島爆炸案造成超過200人遇難，而其中有88人來自澳洲。

極端伊斯蘭教士阿布-巴卡-巴希爾在恐怖分子被執行死刑之前走訪了他們的家庭，並把爆炸案凶手稱為英雄。他說："他們將被處以死刑使我們難過，但同時又感到高興。因為他們將作為英雄死去。"

阿布-巴卡-巴希爾被認為是恐怖組織"伊斯蘭祈禱團"的精神領袖。但是始終沒有證據顯示他與峇里島爆炸案之間有什麼直接聯繫。他此後因其他罪名而被判入獄，兩年前被提前釋放。

澳洲国立大學印尼學中心的格雷戈-費力教授在接受澳洲广播電台訪問時表示，必須對伊斯蘭主義極端分子採取報復行動作好準備："一般民眾可能根本就不會採取任何行動。很多穆斯林領袖已經明確表示，類似峇里島爆炸案凶手這樣的人對伊斯蘭教形象構成損害。但是穆斯林社區中的極端派卻很有可能有所反應，特別是那些對伊斯蘭聖戰抱有同情態度的人。這些有暴力傾向的伊斯蘭主義分子把峇里島爆炸案凶手稱為殉道者，他們可能會發動襲擊行動。"

在2002年10月12日峇里島恐怖爆炸襲擊發生之後，印尼政府制定了大量反恐法案。此後在警方的打擊之下，恐怖組織"伊斯蘭祈禱團"的勢力明顯遭到削弱。