據巴基斯坦安全力量稱，這是首次有人因與布托遇刺案有直接關聯而被逮捕。警方拘捕了一名15歲的少年和一名年長一些的從犯。巴基斯坦內政國務秘書沙表示，這兩人都擁有炸藥。在警方的審訊中，較年長的一個保持沉默，年幼的一個已經承認罪行，他承認自己受過自殺襲擊的訓練，如果去年12月27日的行刺沒有成功的話，他就將是刺殺布托的下一個刺客。這名嫌疑人還說，他和其它4 名小組的成員，被派往拉瓦爾品地布托的競選集會，給他們下達任務的是伊斯蘭主義武裝組織頭目貝圖拉.馬哈蘇德。 馬哈蘇德與基地組織和塔利班都有密切聯繫。他在南瓦濟裡斯坦的部族地區招募了一批戰士，直到去年夏天，這一武裝在鄰近的阿富汗與美軍作戰。去年6月巴基斯坦軍隊在伊斯蘭堡清剿了紅色清真寺後，馬哈蘇德的武裝開始在巴基斯坦國內。上周他們在南瓦作戰。濟裡斯坦攻佔了一個政府軍據點，打死數十名士兵。作為報復，周六政府軍在該地區逮捕了50名聖戰組織成員。 巴基斯坦政府在布托遇刺幾天後就指責伊斯蘭主義極端分子是幕後策劃者，並公開了一份電話錄音作為證據。美國中央情報局也認為馬哈蘇德是刺殺布托的指使者。但馬哈蘇德否認與行刺事件有牽連，他的發言人稱警方逮捕的15歲嫌疑人的招供並非事實，而是政府的宣傳。

儘管布托曾發誓，如果當選政府總理，要消滅伊斯蘭主義極端分子，儘管基地組織和塔利班無疑是要在巴基斯坦製造不穩定，但巴基斯坦民眾對政府的懷疑如此之大，以致於許多人相信是總統穆沙拉夫下令暗沙布托，以阻止這位受歡迎的反對派領導人在大選中獲勝。重要的原因之一是，政府有關部門的調查工作十分馬虎，作案現場的痕跡被毀，布托的遺體也沒有經過法醫解剖就被下葬。因此關於情報部門參與了謀殺的傳言甚囂塵上。 周日，巴基斯坦總統穆沙拉夫開始了歐洲之行，首站抵達布魯塞爾，他還將訪問巴黎、倫敦和達沃斯。穆沙拉夫希望從歐洲國家獲得支持。而歐洲國家也因此有機會敦促巴基斯坦保證2月中舉行的議會選舉做到自由公正。