世界盃後，諾沃特尼沒有與勒沃庫森續約，最終選擇了加盟札格瑞布迪納莫，當時就有很多球迷意識到諾沃特尼已經進入了職業生涯的末期。不過當周一他在接受踢球者採訪時宣佈退役決定的時候，還是讓許多人感到意外。

在8月16日參加完德國與瑞典的友誼賽之後，諾沃特尼於克羅埃西亞聯賽中右膝半月板受傷，不得不接受了職業生涯中的第五次膝蓋手術。而這次手術之後的恢復的並不理想，因此在今年年初，諾沃特尼被告知他需要再接受一次手術，這次受傷讓諾沃特尼徹底的絕望了。

「最近一次受傷給了我很大打擊，為此我要休養10個月，接下來就是理療和恢復，時間對我來說真的不太夠了。」諾沃特尼很清楚自己的狀態，如今已經33歲「高齡」的他已經無法再經受這一年多的折騰了。鑑於諾沃特尼的傷勢，札格瑞布迪納莫決定與諾沃特尼友好分手，從加盟到受傷，他一共只代表札格瑞布打了10場比賽。

在周一做出該決定之前，諾沃特尼提前電話通知了德國隊主教練勒夫，後者對諾沃特尼的決定很是失望：「我相當遺憾。他已經受傷多年了。健康對於一名球員而言是如此的重要。」諾沃特尼此前接受過4次膝蓋手術，左右膝蓋各兩次，他也因傷錯過了2000年和2004年的歐錦賽，以及2002年的世界盃（入選但因傷未參賽）。勒夫本希望他能堅持到2008年，將其寶貴的經驗傳授給年輕的德國中後衛，但是諾沃特尼的決定使得勒夫不得不另想新辦法彌補後防線上的漏洞。

在德甲效力的這15年，諾沃特尼曾經先後代表卡爾斯魯厄和勒沃庫森共參加了334場德甲聯賽，並代表德國隊打了48場國家隊比賽。不過讓人遺憾的是，他雖然獲得過1次冠軍聯賽亞軍，4次聯賽亞軍以及2次杯賽亞軍，但卻始終沒有獲得過一個冠軍頭銜，不過對此諾沃特尼倒是很看得開：「至少我還保持著兩個冠軍頭銜——被罰下場最多的冠軍，以及十字韌帶受傷次數最多的冠軍。」

或許足球帶給了諾沃特尼太多的淚水和不幸，因此退役之後諾沃特尼決定遠離足球，而為青少年撰寫科幻小說。

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