排名第二的德國大學是慕尼黑大學（第51名)，去年它位列第48。全球100所最好的大學裡，海德堡大學（第64名）、哥廷根大學（第79名）、弗萊堡大學（第88名）和柏林洪堡大學（第95名）也榜上有名。

洪堡大學的名次顯著上升，過去它僅介於第152至200名之間；相反柏林自由大學位次劇跌，從去年的第95名，滑至第202到310名之間，甚至遠遠落後於漢堡大學和緬因茲大學。而在以往的世界高校排名中，柏林自由大學的光彩從沒被它們遮蓋過。

柏林自由大學這一戲劇性的折戟源於洪堡大學的異議。中國人把1911年來大學所培養的諾貝爾獎獲得者數目作為評價標準之一。可是在德國分裂前，既沒有洪堡大學，也無柏林自由大學。1911年以後，柏林的諾貝爾獎獲得者被計入弗里德里希.威廉大學，即1810年根據威廉.馮.洪堡的方案建立的柏林大學。

上次排名時，中國學者將29位諾貝爾獎全歸入柏林自由大學，因為該校將自己看作柏林大學學術遺產的繼承人。但洪堡大學認為自己才名正言順，它的前身是1949年前的柏林大學，之後才更名。現在中國人認為洪堡大學在理，不再把諾貝爾獎獲得者計入柏林自由大學，即使該校培養了至少兩位「自己的」諾貝爾獎獲得者，而洪堡大學一個也沒有。

柏林自由大學校長迪特.倫岑指出，上海的排名值得商榷。為什麼近百年前的諾貝爾獎項，可以用來評定今天大學的水準？中國人須公正地評價兩所大學。事實上，一些大學「糟踐」了諾貝爾獎的聲名。好多諾貝爾獎獲得者只是被一些大學請去短期執教撐門面，而他們的研究卻是在別的大學完成的。