星期日的羅馬雖然下起了雷陣雨，在教皇的夏日行宮岡多爾福堡廣場上仍然聚集了眾多四面八方趕來的信徒，教皇在窗口上一露面，立即引來廣場上的歡呼。教皇看到信眾中不少人用塑料布蓋在頭上擋雨，就開玩笑說：「(雨)水其實就是聖靈出現的跡象。」

現場的氣氛如同往日的禮拜沒有什麼區別，空氣中也沒有彌漫教皇雷根斯堡大學講話引發的世界範圍內的穆斯林抗議風潮所帶來的緊張氣氛，雖然幾個小時前還傳出有穆斯林威脅刺殺教皇的消息。不過，負責保衛梵蒂岡安全的人員還是加強了警備，採取了必要的防範措施。

教皇繼續借「雨」發揮地說：「我希望這一陣雷陣雨很快就會平息。」顯然，教皇是一語雙關。在講話中，教皇一方面說他上周的家鄉之行給他「帶來美妙的體驗」，一方面也明確表示因為雷根斯堡講話引起的風波而感到「心情十分沉重」，因為「講話中的有些段落被有些伊斯蘭信仰者解釋為是侮辱他們的信仰的」。教皇說，他在雷根斯堡大學的講話中引用的拜佔廷皇帝帕萊奧洛戈斯王室曼努埃爾二世的一句話(即穆罕默德只給世界「帶來了壞的和不人道的東西」)「只是一句引語」而已，「絕對不是表達了我個人對伊斯蘭的態度」。

講話中，教皇再次重申了昨天(9月16日)梵蒂岡的外交大臣貝爾托內的聲明中所表達的歉意，並表示對穆斯林的態度應該是「相互理解」和「相互愛護」。他說，他希望人們能正確理解他講話的本意。廣場上的信眾們對教皇報以熱烈的歡呼。

教皇接下來回到這樣的禮拜講話中通常的主題，提到了聖徒保羅，為信眾做了祈禱。教皇用四種語言為來自法國、義大利、波蘭和英語與西班牙語等國家來的朝聖者進行了祈禱，祝福他們即使是在陰暗的時間內也得到上帝的幫助。最後，教皇祝在場者有一個愉快的下周。

教皇本人下周是不是能輕鬆愉快則是一個大問題，因為雷根斯堡講話所帶來的風波估計不會像他希望的那樣很快平息。穆斯林國家的很多宗教和政界領導人都表示教皇的道歉是不夠的。伊拉克的一個地下恐怖組織甚至揚言要炸梵蒂岡。即使是在天主教會內部，也有人對教皇表示不滿。一位羅馬天主教會的高級人士對義大利「都靈日報」說，「如果是教皇保羅二世，就不會發生這樣的事情。」

周三，教皇預計將會在梵蒂岡的晉見大會上更為詳細地就「雷根斯堡講話」事件進行解釋。