長谷川年木被處死數小時之後，其家人便得到電話通知來領取屍首。同時還被簡短的詢問是領取完整的屍體還是領取骨灰。而因3次殺人罪早在1985年便被判處死刑的長谷川年木在等待處決16年之後，突然獲知死亡來臨。2001年12月27日，長谷川年木被從睡夢中喚醒並被告知他的末日已到。在日本，通常都是囚犯及其家屬在死刑執行前數小時才獲得通知。在獄中成為基督徒的長谷川年木在被絞死之前獲准在一個佛教祭壇前做最後一次祈禱。

監獄看守甚至不讓長谷川年木吃臨死前的最後一餐，便將他押送到位於日本第4大城市名谷屋監獄的行刑室。在這裡，長谷川年木被蒙上了雙眼，捆綁了雙手，脖子上被套上了繩索。接到指令之後，5名監獄工作人員同時各自按動一個按鈕，地面上的一個折疊門向地下打開。

長谷川年木的身體掉入地下的洞穴，脖子上的繩套一下子扯斷了他的脖頸。實際上，5個按鈕中只有一個按鈕打開了通往地洞的折疊門，因此，獄卒們自己也不知道究竟是誰殺死了犯人。日本實行這套體制已經30多年，目的是為了不讓獄卒們有自己是劊子手的感覺。然而，誰也不知道長谷川年木臨死前的真正情形。因為日本基本上對處決實行保密的原則。日本司法部對處決僅發表簡短的新聞告示。執行絞刑時的過程只有目擊者的描述，但是日本官方從未證實過。日本女司法工作者大冢喜美子對多位獄卒進行了訪問之後表示。

保密的原因是國家對於自己的這種行為感到羞恥。國家這樣做也是為了避免要澄清一方面禁止殺人，一方面自己卻在殺人的這種自相矛盾的局面。沒有人解釋日本的這個矛盾的現象。因此日本對執行死刑一直是遮遮掩掩。

被絞死人的姓名只有在家屬公開以後外界才能得知。30年來日本的議會議員不得查看監獄中的行刑室。日本司法部迄今採用這種辦法杜絕了人們對死刑的討論。日本國際大赦組織秘書長寺中說：」日本的死刑很難起到威懾作用。政府只想通過死刑向老百姓顯示，政府在維持了國家正常的法律和秩序。「

日本的人權人士認為，那些被判處死刑的人受到了不必要的虐待。比如死刑犯不得同其他犯人交談，不得看電視，也不許有個人愛好。而且只允許直系親屬探望。探望時雙方的交談也要受到監視。給死刑犯的信件全部要被事先檢查。有四分之一的死刑犯根本得不到親人探視。犯人住的牢房也十分擁擠。死牢只有大約7平米。由於大約一半的死牢得不到日光，致使不少犯人只能吞服大量安眠藥派遣內心的孤獨。一位修女說：」在日本被判處了死刑的人只在肉體上還感覺自己還是個人。在社會上他已經死了， 因為他被完全孤立了起來。我對政府拒絕讓罪犯過上人一樣的生活，拒絕讓他們贖罪感到非常遺憾。「

民意測驗顯示， 80％的日本公民支持死刑。但是不少對死刑持反對態度的人認為， 這是因為政府對執行死刑採取了保密的做法導致的。他們認為， 如果老百姓知道了死囚的關押條件和死刑的執行過程，那麼將有更多的日本人站出來反對死刑。而且也應當讓更多的日本人知道他們的法律是多麼荒謬。。按照日本法律，只有至少殺害了3人才會被判處死刑。而且如果殺害的是自己家屬也不計算在內。