峰會剛開始，關於貿易問題便再起爭端。導火線是歐盟和美國貿易代表們的一個共同文件。這份非正式文件要求為發展中國家更大規模地進入工業國家市場敞開大門。作為相應條件：發展中國家要努力改善他們的統治形式。

歐美的這一提議被人們高興地視為停滯不前的貿易談判的一個突破。然而，一些政府組織則認為這是對這個環境峰會目標的一個突然襲擊。

綠色和平組織的帕爾蒙提爾說：「這是想把世界貿易組織議題硬塞給本次峰會的一個骯髒詭計。這是絕對荒唐的。因為，約翰內斯堡這次峰會的目標本應該是，找出裡約熱內盧的決議為何未能實施。非常清楚，並且有證據證明，不計代價去實現貿易自由化和世界貿易組織的作用正屬於裡約熱內盧決議未能實施的主要原因之列。」

因此，非政府組織要求為了環境方面的考慮而適當削減對自由貿易的強調。歐盟的貿易代表們則認為，他們受到的指責是冤枉的，他們最關心的也是可持續發展。

環境與自然保護聯盟的密特勒爾認為，歐盟的這種說法並沒有什麼道理，他認為，自由貿易的觀念會有一些隱藏在關於可持續發展的言論底下。如果存在好的理由，環境保護的理由和保護人類健康的理由，有時貿易得讓點步。

上屆多哈世貿組織會議作出的服務業自由化的決議，尤其是非政府組織的眼中釘肉中刺。與此同時，他們又認為多哈世貿組織會議的一些決議步子太慢。比如，他們批評富裕國家以巨額的補助保護自己的經濟，防止發展中國家產品湧入。據世界經合組織估計，僅去年這些國家對農業的補助就超出2.3－3億美元，多於每年國家的發展援助金額。

工業國家進退兩難。多哈的世貿組織會議決定，關於減少補貼的談判延緩至2005年之前。而現在歐洲委員會貿易代表團團長普利切爾則乾脆說：「發展中國家忽然要求減少補貼，也許恨不得我們完全取消這些補貼。這是我們不願意做的事，是我們不能接受的。歐洲社會也永遠不會接受。」