「即將卸任的陳水扁總統片面關注中國和台灣身份問題，在許多人頭腦中引起了混亂。從民進黨到國民黨的政權轉換反映了人民他的不滿。同時舉行的入聯公投遭到失敗也與此有關。選民顯然相信，與中國大陸打交道時講究實際的國民黨能取得更大成績，另外他們也希望國民黨執行更為重視人民日常生活的政策，加強政府把握經濟的力度。

儘管如此，事實上陳水扁總統不僅鞏固了台灣民主，也提出了這個島國的中心政治問題。國民黨重新上台後，對台灣自己身份的討論必然會繼續進行下去。認為台灣人最近投票選擇了靠攏中國是極其膚淺和歪曲的說法。國民黨也不能接受北京的一個中國原則，它必然會給自己提出這樣的問題：有成效的民主台灣既然不是中國大陸的一部分，它又是什麼身份呢？就一個中國原則進行的新一輪爭論即將開始。

永遠談維持現狀解決不了台灣的身份問題，台灣要求維護事實上的獨立和民主，但這應在什麼樣的國際範圍內進行，並不明確。如果新任總統馬英九現在與北京開始談判，他將面臨這一問題，因為沒有跡象表明，中國當權者願意與台灣國家元首平等對話。在他們看來，台灣沒有主權，只能在更密切的經濟交織過程中給予台灣某種形式的自治。」

法蘭克福評論報認為，台灣選民希望馬英九振興經濟，希望通過與大陸增加交流帶動台灣經濟，馬英九當選後也許諾開放三通和大陸遊客赴台觀光。但馬英九更想改善與北京的政治關係：

「與他的前任爭取台灣法理獨立的做法相反，馬英九承認一個中國的原則，但雙方對此可以有不同的解釋。他還想在一定的時候與北京簽訂和平協定，但這並非易事，新當選總統這些聽起來很好的計劃首先要獲得北京的同意。

此外，馬英九對北京並非沒有批評。他把自己稱為『反共人士』，表示每年都要參加紀念北京民主運動被鎮壓的活動。他批評中國對藏人抗議採取強硬做法，不排除台灣抵制奧運的可能。當選後他說，中國仍然是台灣安全的最大威脅。」