第二部分內容原本應在兩周前公佈，但鑑於美軍虐囚醜聞當時剛剛曝光並招致世界輿論的強烈譴責，布希政府因此做出了推遲公佈該報告的決定。目前公佈的第二部分報告只著眼於反對侵犯人權所取得的成果，比如今年一月喬治亞推翻腐敗的政權，自由選舉新的政府。

美國國務院在報告中指出，在約旦河西岸及加薩地帶，以色列和巴勒斯坦當局的人權紀錄同樣糟糕。報告對以軍濫用暴力，造成大量人員傷亡予以嚴厲譴責並指出，以軍摧毀巴勒斯坦人的房屋以及實行戒嚴是對無辜平民的懲罰。此外，以色列方面還經常阻止巴勒斯坦人獲得醫療援助，在400多個檢查哨所都發生過巴勒斯坦平民被騷擾的事件。

報告也以同樣明確的態度對巴勒斯坦自治當局侵犯人權的問題予以了強烈抨擊。報告指出，巴勒斯坦安全力量，比如巴勒斯坦解放組織法塔赫運動的成員參加了襲擊以色列的行動，巴勒斯坦監獄中屢屢發生囚犯被虐待的事件，法庭也不能做出公正的裁決。

在介紹該報告時，美國副國務卿阿米蒂奇強調說，報告中也提到美國幾個最親密盟國以及美國在反恐鬥爭中最新，最重要的盟友的人權問題，此外，報告也涉及與美國沒有建立全面外交關係的國家，如伊朗和北韓的人權狀況。阿米蒂奇補充道，報告對所有國家，不管是朋友或敵人都使用了同樣的衡量尺度，包括對美國本身。

也許正因為如此，美國才推遲公佈該報告的第二部分內容。美軍在伊拉克虐待戰俘的醜聞使美國成為眾矢之的。阿米蒂奇並不迴避這個話題：

「我們看到，過去幾周中美國人在伊拉克侵犯人權事件的大曝光動搖了人們的一些價值觀。「

儘管如此，美國國防部的人權報告認為，總的來說，薩達姆侯賽因政權被推翻後，伊拉克的人權狀況有了改善。美國目前正在參予記錄前薩達姆政權侵犯人權的事件。