2001年9月11日，極端伊斯蘭恐怖組織——基地組織成員劫持兩架飛機分別衝撞紐約世貿中心的「雙子大廈」。劫機者亦迫使第三架飛機撞向五角大樓。第四架飛機墜毀。此次襲擊造成超過3000人罹難。

2001年10月7日，作為對恐怖襲擊的回應，美國小布希政府發動針對幕後指使嫌疑人本‧拉登的所在國——阿富汗的反恐戰爭。美國搗毀了塔利班政權，同時試圖粉碎基地組織。2001年11月3日，喀布爾淪陷。塔利班撤退到阿富汗和巴基斯坦的邊境地區。

2001年11月，聯合國阿富汗問題會談在德國波昂附近的彼得斯貝格山（ Petersberg）召開。阿富汗有四個民族派出代表參加會議。與會代表於2001年12月5日就成立過渡政府達成協議，卡爾扎伊(Hamid Karzai)擔任過渡政府總統。

2011年12月22日，德國聯邦議院以多數票同意聯邦軍參加聯合國在阿富汗的維和行動。駐阿富汗國際維和部隊的任務是維護和平與安全和支持政府重建。

2002年3月6日，兩名德國聯邦軍士兵在阿富汗銷毀防空導彈時喪生。

塔利班政權倒台兩年多後，阿富汗政府於2004年1月頒布了新的民主憲法，定國號為「阿富汗伊斯蘭共和國」，實行總統制，為總統大選鋪平道路。2004年10月9日，卡爾扎伊贏得大選。

2004年3月31日柏林舉行了為期兩天的國際阿富汗會議。與會國答應在今後3年內向阿富汗提供82億美元的援助。德國同意出資8000萬歐元。

2006年1月31日，國際社會在倫敦舉行的阿富汗會議上提出了五年計劃，並承諾提供約105億美元的援助用於阿富汗重建，幫助該國逐步實現自力更生。

2009年9月3日至4日夜間，兩輛油罐車在昆都士附近被反叛武裝分子劫持。德國駐阿聯邦國防軍上校克萊恩下達了空襲的命令，結果造成約140人死亡，其中大多數為平民。

2010年5月31日，德國總統克勒突然宣佈辭職。此前訪問了駐阿富汗德軍回國後的克勒在一次採訪中表示，在緊急情況下，「為維護我們的利益，例如為保障貿易通道，軍事行動是必要的」。他的此番言論在德國國內引起一片嘩然。

2010年7月19日，在戒備嚴密的情況下，北約外長在阿富汗首都喀布爾舉行國際阿富汗會議。這是首次在該國境內舉行的阿富汗會議。會議啟動推進「阿人治阿」的「喀布爾進程」。同年11月，北約裡斯本峰會宣佈於2011年起開始撤軍，2014年底前完成向阿政府移交安全職責。

2010年9月18日，阿富汗舉行新一屆議會選舉。此前造成至少22人死亡的多起襲擊事件令此次選舉蒙上陰影。

2011年5月22日，美國海豹突擊隊攻入恐怖分子頭目拉登匿藏在巴基斯坦阿伯塔巴德市（ Abbottabad）的豪宅後，將其擊斃。上千美國民眾走上街頭慶祝拉登之死。

2011年12月5日，第一次阿富汗波昂會議召開10年後，波昂舉行第二次阿富汗會議。與會國家和政府領導人就2024年前為阿富汗提供資助達成一致。

2012年5月16日，德國總理梅克爾和阿富汗總統卡爾扎伊共同簽署了一份德阿合作協議。聯邦政府承諾繼續向阿富汗提供幫助，交換條件是：卡爾扎伊保證在人權和法制領域進行進一步改革。

2013年6月18日，阿富汗總統卡爾扎伊宣佈阿富汗安全部隊從北約部隊手中正式接管對該國的安全防務職能。接下來的幾個月裡，國際維和部隊將逐步撤出阿富汗。

2013年8月21日，德國聯邦國務秘書弗裡切（Klaus-Dieter Fritsche）和德國駐阿富汗大使奧扎（Oliver Owcza）將昆都士警察訓練中心移交給阿富汗內政部管理。

2013年10月6日，時任德國國防部長德梅齊埃（Thomas de Maiziere）和外長韋斯特韋勒（Guido Westerwelle） 將位於昆都士的德軍營地移交給阿富汗政府。

國際部隊今年開始從阿富汗撤軍。國際社會將繼續為幫助該國重建提供幾十億美元的資助。對阿富汗而言走向自力更生的道路依舊充滿荊棘。

拜登總統上台後，美軍從2021年5月起大規模撤離，8月底完全撤出。伴隨著美國撤軍，塔利班武裝在與阿富汗政府軍的戰鬥中迅速取得上風。截至8月中旬，塔利班已經控制了阿富汗的大部分地區。