在周六的大選中，民進黨候選人陳水扁僅以3萬票的微弱優勢勝出。而在總共1300萬張選票中，被宣佈無效的就有33萬多張。選舉結果公佈後，反對黨國親聯盟即指責這是一次不公平的選舉，候選人連戰、宋楚瑜提起選舉無效，當選無效的訴訟，要求重新驗票。台灣高等法院於周日做出決定，查封所有票箱，以備查驗。

國民黨主席連戰指出，此次大選「疑雲重重」，尤其是周五的槍擊總統事件，直接影響了投票結果，要求政府及早澄清。周五，陳水扁和副總統候選人呂秀蓮在台南參加競選活動時，遭不明身份者槍擊，兩人均受輕傷。台灣警方目前尚未逮捕任何嫌疑人，官方稱調查工作未取得大的進展。輿論普遍認為，槍擊事件為陳水扁帶來了一部分額外的同情票，因而影響了選舉結果。

自周六晚開始，泛藍陣營的支持者在台灣各地舉行了抗議活動。在高雄和台中，抗議者和警察發生了衝突。周一，台北總統府前仍有1000多人靜坐示威，表示要堅持到重新驗票才離開。泛藍陣營計劃在本周六發動大規模遊行示威。陳水扁和呂秀蓮自20日晚宣佈選舉獲勝後，還未在公開場合露面。

台灣高等法院周一正式就選舉訴訟分案審理。高院院長張信雄強調，該案會在法定6個月期限內速審速結，並呼籲民眾保持冷靜，相信司法。

中國大陸官方機構對台灣大選及訴訟糾紛基本保持沉沒，只表示將關注事態發展。媒體也遵照指示，除簡短消息外，不發表任何評論。周一，英文中國日報援引廈門大學台灣研究所所長范希周的話說，公投結果證明台灣民眾希望海峽兩案建立和平穩定的關係。周六與總統選舉同時舉行的和平公投，因對兩個議題的投票率均未超過50％而被宣佈結果無效。

香港政界親大陸人士指出，台灣大選的例子說明，民主走上不健康的歧途，及過早實行普選，會造成怎樣的混亂局面。他們說，如果沒有一個好的制度，民主不會給大眾帶來益處，這應該引起香港人的深思。

另外，台灣國防部周一證實，國防部長湯耀明已提出辭職。湯耀明表示，是因年齡和健康原因而辭職的。湯耀明原為國民黨黨員，自2000年陳水扁當政以來一直是民進黨政府內閣成員。