在伊拉克佔多數的什葉派認定襲擊者來自少數族群遜尼派陣營。許多什葉派人士發誓對此報復，僅周四一天，伊拉克各地就有至少130人被打死，其中多數為遜尼派。為防止局勢失控，當局宣佈多個地區進入緊急狀態，總統塔拉巴尼更對什葉派和遜尼派之間的衝突可能導致全國性內戰提出警告。

衝突由來已久

同屬伊斯蘭的什葉派和遜尼派之間的衝突原有其歷史背景。北非和包括伊朗在內的中、近東地區的五分之一人口屬於什葉派，而且只是在4個國家中佔人口多數。它們分別是：伊朗，佔85％；葉門，佔75％；以及伊拉克和巴林，均佔60％。穆斯林世界的其它國家中，遜尼派是多數。

與基督教的各教派不同，什葉派和遜尼派之間的區別要大得多，原因是，兩派之間在諸多問題上的態度可說是涇渭分明，勢不兩立。最早的分岐起於對先知繼承人的分岐。穆罕默德先知於632年逝世後，阿裡.巴克爾被挑選為第一任哈裡發（伊斯蘭教中所規定的宗教與世俗最高領袖）。儘管以後不斷出現各哈裡發之間的衝突，但哈裡.巴克爾繼承者這條線始終被認為是伊斯蘭最重要的分支，這一分支起先在大馬士革，以後在巴格達以及薩邁拉等地掌握統治權。

而根據什葉派的傳統說法，穆罕默德在其逝世前不久曾交給其堂弟兼女婿阿裡一項任務，即：領導穆斯林。雖然阿裡僅被選為第4任哈裡發，對什葉派而言，他卻是首位「伊馬目」。什葉派視伊馬目為宗教最高領袖。而在遜尼派那裡，只要某人的才學足以使他有能力主持共同禮拜，這個人就可以擁有伊馬目頭銜。

在遜尼派眼裡，阿裡是一個弱主。不過，兩派最初在不否認阿裡具備世俗權威合法性這一點上並無二致。然而，不久之後，事情驟然起變。穆斯林內部出現衝突和分裂。阿裡被褫奪哈裡發稱號，而他的繼承人又得不到阿裡支持者們的承認。這派人稱自己為「什葉阿裡」，意為阿裡派，這就是後世所知的什葉派。

公元661年，阿裡被人殺害。他的各代繼承人是伊馬目們，受到什葉派的擁護，一直傳至第11代伊馬目－哈桑.阿爾.阿斯卡裡。阿斯卡裡及其父、第10代伊馬目便被安葬在薩邁拉清真寺。隨著阿斯卡裡的去世，與先知穆罕默德相連接的基本清晰的承繼鏈條也告結束。阿斯卡裡的兒子穆罕默德.馬赫迪還在孩提時代便已消失，那是9世紀。從那以來，什葉派信眾一直在期待著這位12代伊馬目的歸來，其情形猶如猶太人和基督徒對救世主「彌賽亞」的期盼。

在遜尼派那裡，數百年來，儘管存在著各位哈裡發後來相互競斗的局面，但「哈裡發」始終具有重要意義。雖然巴格達的哈裡發國家結構一度被蒙古人所取消，但這一結構在鄂圖曼帝國卻一直延續到1924年。

從16世紀以降，什葉派伊斯蘭一直是伊朗的國教。但是，什葉派最重要的聖地－第三、第七、第九、第十及第十一代伊馬目的陵墓卻都位於西部鄰國伊拉克。而伊拉克的歷史變幻近代多端，時而是遜尼派成為統治者，時而又由來自伊朗的什葉派掌控權力。雖然遜尼派佔少數，但近代以來，伊拉克卻基本處於這一派的控制之下。獨裁者薩達姆.候賽因時代亦不例外。不過，隨著薩達姆的被推翻，在伊拉克佔多數的什葉派的勢力已日見增長。