台灣總統陳水扁本次出訪中美洲邦交國，整個行程歷時九天，在此期間，陳水扁將參加第六屆台灣與中美洲邦交國峰會，此外，還將對宏都拉斯，薩爾瓦多和尼加拉瓜進行正式訪問。據台灣媒體透露，台灣政府將向這三個邦交國進行經濟援助，主要內容包括援建電站，捐贈電腦設備等等。

前不久台灣在該地區重要邦交國哥斯達黎加宣佈與中國建交，使台灣外交遭受重大挫折。而此後其他幾個國家也傳出了邦交不穩的風聲，因此陳水扁本次出訪一個重要任務便是鞏固中美洲邦交國的關係。儘管如此，各界普遍把陳水扁出訪途中，過境美國所享受的待遇作為報導重點，因為在台美關係互動中，台灣總統過境美國始終是這兩個重要盟友之間關係的風向標。

陳水扁美國夢只允許90分鐘

這次美方不同意陳水扁過境本土，而只是允許飛機在阿拉斯加停留90分鐘，加油完畢之後就要起飛。觀察家認為，這是陳水扁政府近來大力推動「台灣加入聯合國公投」，導致美方反感，才會使用這樣的手段對陳水扁稍加懲罰。台灣政治大學國際關係研究中心湯紹成博士分析說，「 美國為了表示對於這個公投議案的不滿意，所以沒有讓陳水扁本土國境，而只是在阿拉斯加，還不是過夜，只能過境。給外界觀感是美國對台灣的政策是非常有意見的。」

儘管在出訪之前就瞭解到美方這次對於飛機過境的待遇安排，但陳水扁表示自己為了爭取台灣的國際空間要「忍辱負重」，照常出訪。但是據媒體報導，為了表示對美方怠慢態度的不滿，同時也為了凸現爭取「台灣加入聯合國」的訴求，陳水扁在美方相關官員登機拜訪時並沒有整裝相迎，而只是穿著襯衫，也沒有打領帶，同時他和隨行台灣官員的衣服上還貼著「台灣入聯」的標語口號。湯紹成博士認為，儘管這次美國對陳水扁過境一事冷淡處理，但相比半年之前那次繞道歐洲，驚險曲折的所謂「迷航之旅」，這次的情況還不算太壞，「當時美國也是對陳水扁的政策非常不滿意，結果根本就拒絕他過境。那麼這次跟上次比較還稍微進步了一點，但與台灣政府的期望還有很大距離。這次是台北與美方改善關係的一次契機，這對於陳水扁是非常重要的。」

「入聯公投」意在選舉

在美方明確表示反對的情況下，陳水扁堅持推動加入聯合國的公投，在出訪之前舉行的記者會上，陳水扁明確表示，公民投票是普世人權，自己作為國家領導人不能阻擋限制，因此儘管美國有意見也要堅持下去。

但是，台灣政治大學湯紹成博士認為，民進黨政府現在推動「入聯公投」還是出於選舉考量：「這個議題我們有比較深刻地瞭解。如果回顧一下2004年，當時民進黨提出兩個公投議題，結果都沒有超過門檻，也就是根本沒成立。但是達到了「催票」的效果，也就是公投提出後，很多人原來不想投票，結果因為要參與公投，就來投票。這樣對於民進黨的投票率和結果都有非常大的影響，這次也就是如法炮製。如果不提公投，在選舉上就不容易造勢，而且不容易獲得民眾的支持。」