北京非常不願意看見台灣領導人訪問美國，對於台獨理念堅定的陳水扁訪美更是非常敏感。台灣外交部長陳唐山在新聞發布會上對媒體表示，陳水扁將在夏威夷和西雅圖逗留兩晚，並會見美國政界人士，其中有可能包括布希總統的弟弟，現任佛羅里達州州長傑布.布希。同時他還說，台美雙方對於陳水扁過境的具體細節已經達成共識，而台灣方面將盡力保證遵守這些約定。由於此前台灣總統府和外交部對於陳水扁的行程三緘其口，因此，台灣媒體在報導陳水扁過境美國城市的時候眾說紛紜。 有報導說，台灣國安會秘書長邱義仁為了陳水扁過境美國，特別前往華盛頓協調，希望爭取陳水扁在美國東岸華盛頓，巴爾的摩，波士頓等富有政治意義的城市過境。但是美國希望低調處理陳水扁過境安排，過境東岸的希望不大。從目前夏威夷和西雅圖這兩個過境地點的選擇來看，美方刻意冷處理的意味還是非常明顯的。

作為台灣最重要的盟友和武器提供商，美國官方表示允許陳水扁過境是出於旅途安全以及舒適方面的考慮，並沒有政治因素在內。事實是，由於不希望在這個台灣問題上激怒中國，華盛頓政府不可能正式邀請陳水扁以官方身份訪問美國。

多年來，中國政府在國際社會採取孤立台灣的政策，目前，只有26個國家承認台灣的主權國家地位，而其中絕大多數都是中美洲和非洲的小國。去年，陳水扁出訪時曾經在紐約逗留，接受了一個人權組織的頒獎，並在一千多名聽眾前發表了演說，台灣認為此舉是台灣外交的一大突破。

這次陳水扁將在8月29日啟程前往拉丁美洲，途中在夏威夷逗留一夜。9月1日，前往巴拿馬參加新任總統馬丁.托裡霍斯的就職典禮，隨後訪問另一個台灣的邦交國伯利茲。9月5日，陳水扁將過境西雅圖返回台灣，結束此次訪問活動。由於中國大陸和台灣互相指責雙方使用美元外交拉攏邦交國家，因此陳水扁此次出訪是否會給巴拿馬和伯利茲提供援助也成為了媒體關注的話題，對此台灣外長陳唐山表示，是否對拉美邦交國提供經濟和技術援助還沒有確定，但是作為地球村的一員，台灣非常自豪能為盟友提供幫助。