出於安全因素，民進黨競選辦公室下令停止一切競選活動。但台灣選舉委員會宣佈，周六的大選將按計劃進行。

據台灣總統陳水扁辦公室證實，當地時間下午1時45分，總統陳水扁和副總統呂秀蓮的競選車隊經過台南時，遭到槍擊。呂秀蓮當時突然感到右膝蓋劇痛，以為是炮竹所致。而不久之後，陳水扁發現腹部已被鮮血洇濕。兩人被迅速送往附近醫院。在此期間，醫生已從陳水扁腹部取出了一枚子彈，傷口很深，大約3釐米。目前，二人均無生命危險。

這是第一次台灣總統遭槍擊的事件。截至發稿時間，尚未有人宣稱對襲擊槍擊事件負責。官方也不願對此進行猜測。當地電台沒有轉播事件發生經過，但播放了陳水扁所乘紅色轎車的擋風板被一枚子彈射穿的鏡頭。

儘管發生了槍擊事件，台灣選舉委員會宣佈，周六的總統大選和公投將按計劃進行。

現年53歲的陳水扁和59歲的呂秀蓮是堅決主張台灣獨立的兩名民進黨政治家，因此受到中國政府的敵視。從迄今的競選情況來看，陳水扁、呂秀蓮的綠營和反對黨－國民黨連戰和親民黨宋楚瑜組成的藍營的民眾支持率不相上下。因此兩大陣營均在選戰最後一天安排了大型拜票活動。

陳水扁出生於台南地區的一個小村莊，而台南歷來是支持民進黨的大本營。1985年，恰恰也是陳水扁在台南競選縣長時，走在遊行隊伍中的陳水扁夫人吳淑珍被一農民的曳引車壓成重傷，導致癱瘓。陳水扁堅持說，這是國民黨指使所為，是一場陰謀，但並未找到相關證據。而駕駛曳引車的農民和國民黨堅決予以否認。該案最後做意外事故處理，據稱，此農民是陳水扁的一名支持者。

陳水扁、呂秀蓮遭槍擊後，中國官方沒有立即對此做出反應。外交部稱，這是國務院台灣辦公室負責管轄的事務，但打到國台辦的電話一直沒有人接。與前兩次台灣總統大選時不同，中國所有的國家媒體對周六將舉行的總統大選保持沉默。只有「解放軍報」刊登了一篇報導，稱巴基斯坦、巴西和捷克政府支持「一個中國政策」，承認台灣是中國不可分割的一部分。

台灣國家安全機構在此期間加強了對現年67歲的反對黨候選人連戰及其搭檔宋楚瑜的人身安全保護措施，因為國親兩黨計劃周五晚舉行最後的競選活動。

與主張長期目標與大陸統一的連戰不同，陳水扁認為，台灣實際上是一個獨立的國家，不受北京政府管轄。而陳水扁推動的公投議案不僅激怒了北京，也使其傳統的盟友美國和一些西方國家不快。周六，舉行大選的同時，台灣選民還將就面對來自大陸的導彈威脅，台灣否要加強其軍事防禦能力進行公民投票。