對於特別費案一審獲判無罪，馬英九14日召開記者會，除感謝和他一起奮斗半年的律師朋友，也談及個人的感受。馬英九說，這半年來，他自己感到相當悲憤，但仍舊期待司法的公正。

馬英九強調，自己未來一定要為台灣的清廉和正義繼續打拚，這個案子攸關全國數萬名現在在職以及卸任的首長，在特別費案件審理的過程中，法官對特別費的設計和歷史沿革，包括客觀的屬性以及當事人的主觀認知，法院都做了詳細的認知和交代，是一個有里程碑的高度判決。

馬英九說，在審判的過程中，偵查中引發爭議的動作，也引發關注，這在判決書中，也都有所交代。馬英九說，這應該不是他才有的待遇，他相信，一定也有其他的人，也遭致類似的待遇，像是先以關係人傳喚然後改列被告等。馬英九認為，這些問題都和人權保障相關，不可以忽視，必要時要推動法律修正。

馬英九在今年二月原本遭檢方依貪污治罪條例中，涉嫌利用職務上之機會詐取財物罪起訴，審理中，檢方還認為馬英九涉嫌公務背信罪。不過案件經過台北地方法院四個月審理後，台北地方法院表示，馬英九以領據領取特別費既沒有施用詐術也沒有使任何人陷於錯誤，加上法院審酌特別費的緣起和實務運作的情況後，也認為特別費具有實質補貼性質，因此判決馬英九無罪。

馬英九特別費官司一審宣判無罪，民進黨與台聯黨都表示並不意外，他們痛批司法已死、法院是國民黨開的；而率先檢舉本案的民進黨籍立委謝欣霓不滿表示，法院將單純司法案件當成政治案件來審判，她認為法官把「特別費視為實質補貼」的見解，質疑有政治力介入司法。

馬英九的特別費案獲判無罪，替馬英九的總統之路掃除了陰霾，泛藍陣營士氣大振。對此，陳水扁總統表示，這還不是最後確定的結果，但重要的是民進黨不能夠利用別人的犯錯來得利，而是民進黨必須要讓人民感動，而且也必須內部先做好團結，推出勝選的組合。