馬英九的得票率超過58％，高出對手謝長廷17個百分點。可以說，民進黨被徹底選下了台。在立法院選舉全軍覆沒之後，民進黨又丟失了總統寶座。

馬英九發表了這樣的勝選感言："選舉的結束是承擔責任的開始，是改變的開始。唯有改變，台灣才有希望，唯有改變，台灣才有機會。"

選前的民調中，馬英九始終明顯領先於民進黨競爭對手謝長廷。選舉前一周發生的西藏事件，台灣前總統李登輝、中央研究院院長、諾貝爾獎得主李遠哲最後關頭力挺謝長廷，這些是否會給民進黨選情帶來有利的轉變，謝長廷的逆轉勝運動收效如何，由於最後一周不再公佈民調情況，所以這些都成了選前的懸念。現在看來，這一切都沒有給選民的抉擇帶來影響。根據台灣國立政治大學的嚴震聲博士的分析，過去一周發生的事情沒有影響選民的決定。他認為，選民在一周之前就做出了決定。據對選舉行為的分析，百分之九十的選民早已作出了選擇。

嚴震聲認為謝長廷遭慘敗的最主要原因是台灣民眾對陳水扁執政8年的極度不滿，他指出，謝長廷難以分割他與陳水扁的關係。他曾擔任了一年的行政院長，他的副手蘇貞昌也曾是行政院長，他們是現有體制的一部分。

在前台南市民政局長許兌昀看來，馬謝得票率如此懸殊的原因是，這次有一百萬首次參選的年輕人，他們當中80%投了馬英九和國民黨的票。

作為勝者的馬英九向對手謝長廷伸出了和解之手。他表示，國民黨在執政之後一定努力爭取民進黨和其他在野黨派的合作與支持，共同為台灣的前途打拚。他許諾說，將把謝長廷提出的19項政見也作為未來施政的重要參考。

雖遭失敗，謝長廷仍表現出相當的風度，他對他的支持者說，要接受失敗，不要再有抗爭，讓台灣社會盡快修補選舉造成的裂痕，讓人民很快生活在愛與信任的環境裡。