日本政府公布的消息称，潜艇进入日本领海的时间很短，日本海军没有进行警告性开火。发现潜艇的地点在东京西南方约1600公里的冲绳岛附近海域，距存有主权争议的钓鱼岛不远。日本媒体报道，日本海上自卫队的一架P3C型反潜巡逻机最早发现了这艘入侵的潜艇，另一架侦察机以及两艘护卫舰也被迅速派往事发地点。

日本媒体报道，日本政府认为这是一艘中国海军的潜艇。但日本官房长官细田博之表示，还未确认潜艇来自哪个国家。日本首相小泉纯一郎对这一事件表示遗憾，他说在日本领海发现不明国籍的潜艇，当然不是一件好事。

有消息说，海上自卫队的动员命令，是在潜艇被发现3个小时后才下达的，那时潜艇已经离开了日本海域。在下达动员命令后，海军舰只才有权开火进行自卫，以及强迫对方潜艇改变航向。

共同社援引日本军方官员的话说，这艘潜艇可能发生了意外故障。海上自卫队于上周五在出事地点附近侦察到两艘中国海军舰只，一艘是用于潜艇救援舰，另一艘是补给船。

日本海军上一次紧急集结是在5年前，当时有一艘朝鲜间谍渔船进入了日本领海。通常由日本海岸警备队处理此类事件，只有在政府确认威胁超出海岸警备队的保护能力时，才会动员海上自卫队。日本政府发言人称，海上自卫队的一架巡逻机仍在继续跟踪可疑潜艇。而日本媒体称，该潜艇已驶往中国沿海方向。

发现潜艇的海域离尖阁群岛，即中国所称的钓鱼岛不远。中国和日本对钓鱼岛的主权争议由来已久，目前该群岛处在日本的控制下，但中国大陆和台湾都称自己对该岛屿拥有主权。

周二，中国强烈批评日本防卫厅发表的一份文件，该文件以中国为假想敌，为日本军事发展确立目标。中国谴责日本军方仍然保留着冷战思维。两周前，日本刚刚进行了一次国际海上军事演习。不过，有日本官员明确表示，日本目前最担心的是朝鲜。