中国农业部11月14日宣布，安徽省淮南市发生高致病性禽流感疫情，有800只家禽死亡，表明带有H5N1危险病毒的禽流感又回到了安徽。10月25日，安徽曾出现禽流感案例，但是随后宣布疫情已经得到了控制。

10月19日以来，中国先后已有青海、内蒙古、安徽、湖南、辽宁、湖北和新疆等七个省发生疫情。中国农业部的网页上报道说，11月6日，安徽省淮南市田家庵区曹庵镇范圩村养殖户饲养的家禽出现死亡，死亡家禽800只。11月10日，安徽省兽医部门初步诊断为疑似高致病性禽流感。11月14日，经国家禽流感参考实验室确诊，疫情为H5N1亚型对人类有高致病性禽流感。疫情发生后，疫区周围3公里范围内已扑杀家禽126185只，受威胁区紧急免疫家禽279699只。

世界卫生组织的一个专家小组目前已经在中国卫生部官员的陪同下奔赴湖南湘潭，去考察那里出现的人类感染禽流感疑似病例。10月10日前后，湖南省湘潭县射埠镇塘湾村出现家禽死亡现象。10月25日，卫生部正式确诊其为H5N1亚型禽流感。几日前，中国卫生部又通告在当地发现三例人的病例，患者是一对据说是食用了病禽的姐弟和一名在切割鸡肉时失手切伤了自己的中学教师。10月17日，12岁的姐姐因抢救无效身亡，而弟弟则于11月12日痊愈出院，患者中学教师目前情况也稳定，但仍处于观察阶段。有关方面对这三起案例的诊断结果为“不明原因肺炎”，但不排除是人禽流感的可能性。五名世卫组织的专家将在湘潭与患者本人及其家属谈话了解情况。另外两名世卫组织的专家则留在北京的实验室里分析这三个案例的化验样本。

11月5日，辽宁省黑山县境内大面积爆发H5N1亚型高致病性禽流感在，18个乡镇58个村的上千万只家禽被捕杀。据报道，养鸡的农民已经得到了当地政府的损失补贴，大约是每只成鸡补助10元人民币。世卫组织已经提出要求，要中国卫生部门提供黑山的禽流感疫情详细资料。

根据农业部的报告，中国全国范围内在加紧生产禽流感疫苗，目前每天生产的疫苗达一亿支，但是仍然供不应求，因为估计中国每年养殖140亿只家禽。

另外，11月9日新华网报道说，今年5到6月，内蒙古生物药厂非法生产了假疫苗，疫区辽宁黑山的80％注射疫苗都可能是这种假疫苗，导致了当地家禽缺乏抗体，禽流感的爆发应该与此大有关系。值得警觉的是，内蒙古生物药厂是农业部的口蹄疫与禽流感疫苗“重点生产基地”。