星期五晚上，中国外交部发表声明强调指出，中方逮捕闯入日本领事馆的北朝鲜难民事先获得了日本领馆人员的同意。据日本共同通讯社报道，日本驻华大使馆驳斥了中国外交部的这一说法。

星期六，以日本外交部领馆事务处负责人为首的一个日本5人代表团抵达中国东北城市沈阳，对事件进行调查。据报道，星期三，5名北朝鲜人试图闯入沈阳日本总领馆，以此达到前往韩国的目的。但是被进入日本领馆的中国武警人员逮捕。

日本方面认为中国警方的行动违反了国际法，要求中方交出5名北朝鲜人。而中国新华通讯社发表的中国外交部声明则强调，中国武警人员是获得日本领馆副领事的同意之后才进入日本领馆的。

中国外交部发言人孔泉说，日本领馆一位领事向中方了解了情况后，同意将5人带走并对中国武警战士表示感谢。中国驻东京大使馆一位外交官说，中国武警人员逮捕闯入日本领馆的不明身份者时，并不知道他们的身份。事后审问时才知道是寻求庇护的北朝鲜难民。

这位外交官强调，中国警察事先问了一位日本领事，是否可以将这些人带走。这位日本领馆工作人员同上司用手机通了电话并征得同意。此外，中国武警人员也询问日本领馆人员是否可以走进领馆大门地带，日本一位副领事用中文表示了同意。

日本此间驳斥了中国外交部关于中国武警人员征得日本领馆人员同意逮捕北朝鲜难民的声明。日本东京外交部星期六表示，日本驻沈阳领馆从未同意中国武警人员逮捕5名北朝鲜人。日本强烈抗议中国警方闯入日本驻沈阳领馆逮捕北朝鲜难民并要求中方对此表示道歉。