今年4月26日，台湾政府对北京宣布的2008奥运圣火传递路线迅速作出反应，拒绝接受从越南胡志明市传往台北再转香港的安排。在国际奥会的介入下，两岸经过多次的沟通，曾在8月底对于圣火传递路线达成共识。北京奥组委今后将遵守1989年中华台北奥会与中国奥会协议，不再称呼台湾的奥委会及运动代表团为“中国台北”，恢复原来“中华台北”的称呼。其次，北京奥组委确认经过台北的奥运圣火传递路线是“境外路线”，不是“境内路线”。第三，在境外路线的表述上，北京奥组委不再使用“国家和地区”的字眼，避免台湾地位有被矮化的影射。台湾则同意北京奥运圣火依照原先国际奥会所核准的路线进出台湾，即由越南胡志明市传递至台北，后再传至香港。然而，令人感到遗憾的是，北京奥组委却在中华台北奥会代表前往北京签约的前一天横生枝节，要求火炬接力过程中，不可以出现台湾的国旗、国歌、国徽，导致双方最后无法在国际奥会要求的时限前达成协议。

台湾副总统吕秀莲对此结果表达遗憾，她呼吁台湾民众支持政府这样不得已的决定，但也指出，当初的决策者或谈判者轻忽，接受北京这样的圣火路线安排是严重疏忽，应该检讨。

虽然二００八北京奥运圣火传递路线历经几番波折后，确定无缘来台。但台湾体委会主委杨忠和表示，这不会影响台湾选手参加明年奥运。

不过，国民党总统候选人马英九表示，尽管台湾每4年都有参加奥运以及其他许多国际比赛，但是奥运圣火毕竟意义不凡。他非常希望能带国旗去迎接奥运圣火。他也认为，两岸由于彼此互信不足，导致圣火谈判破局，这对两岸都是伤害。

国民党立法委员郭素春更质疑民进党政府的谈判能力，故意不让圣火来台，是要将焦点放在10月的台湾入联圣火接力活动，为了选举继续欺骗民众。

面对在野党的批评，民进党立委徐国勇提出反击，除了对北京圣火在中共刻意政治干扰下、不能来台，感到遗憾，也表示台湾主权不能被矮化，呼吁台湾民众加入台湾入联圣火接力活动，展现台湾身为一个主权独立国家，希望加入联合国的诉求。