阿富汗作为北约目前最大规模的驻外使命，仍是本次国防部长会议期间的核心议题。一方面，派驻当地的北约指挥官一如既往希望增派兵员装备，尤其是增派培训官以训练阿富汗政府军。但是，另一方面，鉴于鉴于驻阿士兵的安全环境越来越险恶，许多成员国已经不愿意向阿富汗派兵，尤其不愿意让本国官兵前往不断发生激战的阿富汗南部。长期坚守当地的美国，英国以及加拿大籍士兵早已怨声载道，认为其他成员国不肯分担风险。由于空中运输能力严重不足，北约甚至在考虑租用私人企业的直升飞机以解燃眉之急。

此外，两个北约成员国之间目前出现了严重的分歧。土耳其方面坚持，该国有权对伊拉克北部库尔德武装人员实施军事打击。而美国人则对此坚决反对。他们担心，伊拉克境内目前唯一一块较为安定的土地将由此陷入混乱。美国国防部长盖茨前不久接受英国广播公司BBC采访时曾呼吁土耳其方面保持克制。他说：“越界采取大规模军事行动，即不符合土耳其的利益，也不符合美国和伊拉克的利益。”此后，土耳其政府的立场有所松动，但并没有完全放弃。

另一项由来已久的争执则是美国在东欧建立导弹防御系统的计划。美国方面称此举是为了防范来自伊朗等国的导弹袭击。盖茨曾多次试图劝解莫斯科接受这一计划，但均以失败告终。俄罗斯方面认为，这一计划是对该国的威胁。而拟定建立这一导弹防御系统的国家－捷克和波兰的部分民众也对此计划持怀疑态度。

前华沙条约国－波兰和捷克已经成为北约成员国。而三个巴尔干国家－阿尔巴尼亚，克罗地亚以及马其敦则在期盼早日加入北约。不过，上述三国必须进一步加快改革步伐，才能达到成员国标准。

而乌克兰的情形则略有不同。亲西方的尤先科总统目前已经得到政府的支持，但普通民众对该国加入北约的计划仍有严重的意见分歧。

此外，还有一个令北约非常难堪的议题，本次国防部长会议期间想必也会进行讨论，即所谓北约快速反应部队的问题。一年前，北约煞有其事地宣称，快速反应部队已组建完毕，随时可以投入战斗。然而，一年过后，各成员国对这一快速反应部队显然已经没有什么兴趣了。没有人愿意为这支部队提供兵员和装备，各方对这支部队的宗旨和任务也无法达成共识。种种迹象显示，快速反应部队的计划很有可能会不了了之，或者以形势变化为由大幅度减小规模。