在国民党退守台湾的头30年里，内战氛围浓厚，国共有数次小规模交战。台湾方面高喊“反攻大陆”、“汉贼不两立”，北京则要“解放台湾”，海峡两岸呈现紧张、对峙局面。朝鲜战争爆发后，美国舰队进入台湾海峡。1955年初，共产党攻下一江山岛，中华民国海军在美军协助下撤退，这被称作“第一次台海危机”。中华民国政府的有效统治范围从此退至台澎金马，并延续至今。

《告台湾同胞书》至今共发表五次。第一次是在1950年，提出要完成解放台湾的任务。第二、第三和第四次均在1958年金门炮战（也称八二三炮战）的背景下，要求台湾共同对付美国为首的帝国主义，团结一致对外。该炮战（图）也被称作第二次台海危机。

最著名的《告台湾同胞书》则是1979年1月1日发表的第五版，其内容主要是商讨结束两岸军事对峙状态，并提出扩大两岸交流。中共停止了从1958年开始对台湾诸岛的炮击，国共军事冲突告一段落。该文被视为北京对台政策的转变。

同样在1979年1月1日，美国与中华人民共和国建交（图为时任美国总统卡特访华），与中华民国断交，同时通过《台湾关系法》。在该背景下，当时已经掌握中共实权的邓小平提出“一国两制”的构想。该政策被用在解决香港和澳门回归问题上。

对于北京方面呼吁“相逢一笑泯恩仇”、提出“一国两制”方案，中华民国政府没有做出回应。据历史文献，蒋经国曾在致函宋美龄时称，“此固为‘匪’统战之一贯手法，但愿已推向另一更邪恶之层次方向，儿将一贯的置之不理并密切注意其后续发展伎俩”。

1986年，台湾第一个反对党“民主进步党”（民进党）成立。民进党在1991年公开其主张台湾独立的政治纲领。台独运动也逐渐在台湾民间兴起（图）。1990年就任台湾总统的李登辉大幅度调整了大陆政策，放弃了蒋经国坚持的“不接触、不妥协、不谈判”的“三不”政策，开始寻求两岸“分裂分治”的合法化。

随着台北的态度变化，两岸关系又趋紧张。1995年初，中共第三代领导人江泽民提出《为促进祖国统一大业的完成而继续奋斗》讲话的八项主张（也被称为“江八点”），就“两岸如何达到和平统一”、“没有统一之前的过渡时期如何办”这两个问题表明立场。

1995年6月，时任总统李登辉对美国进行了“非官方”访问（图），打破17年间未有台湾高官访美的惯例。这引发北京强烈不满，于1995年7月和1996年3月中华民国总统选举期间分别进行大规模导弹演习。为此，美国派航母协防台湾海峡。而李登辉直选中成功连任，成为中华民国第一位民选总统。

1999年7月，台湾总统李登辉在接受德国之声采访时（图），将两岸关系定义为“特殊国与国关系”，即“两国论”。而当时被李登辉召入国安会的蔡英文，被认为是“两国论”的起草人之一。该事件引发地区紧张以及世界舆论的极大关注。而在台湾方面，强烈支持“两国论”的民进党在2000年的总统选举中胜出，陈水扁成为新一任总统。

陈水扁上台后，他于2002年8月在日本提出“台湾跟对岸中国一边一国”，并主张“公民投票”决定“台湾的前途、命运和现状”。在2004年连任后，陈水扁及其民进党继续激进的台独政策。

北京方面，在中共第四代领导人执政下，《反分裂国家法》于2005年3月通过，这是一部针对两岸关系的基本法。同年4月，中共总书记胡锦涛会见时任国民党主席连战（图），实现国共领导人历史性握手，胡锦涛对两岸关系发展提出基于认同“九二共识”的看法。

1992年11月，中国大陆的两岸关系协会与台湾的海峡交流基金会就两岸问题在香港举行会谈，双方口头协商形成不成文默契，被称为“九二共识”，其主旨即为一个中国原则——“大陆和台湾同属一个中国”。2000年，时任台湾行政院陆委会主席苏起将“九二共识”阐述为“一个中国，各自表述”（即“一中各表”），并随后将其列入国民党党纲中。

2008年中华民国总统选举中，民进党败北，马英九上台。由于马英九接受“九二共识”，两岸关系在他担任总统的八年里显著改观，经贸往来与合作大幅增加。2015年11月7日，马英九与中国国家主席习近平在新加坡举行会面（图），打破了两岸领导人1949年以来不见面的禁忌。同年5月，时任国民党主席朱立伦也在北京人民大会堂与习近平举行会晤。

2016年的大选中，民进党主席蔡英文以超过56%得票率的绝对优势，击败朱立伦、宋楚瑜，成为台湾历史上第一位女总统。蔡英文拒绝承认“九二共识”。在2019年1月1日的新年讲话中，蔡英文提出“四个必须”，喊话北京“必须正视中华民国台湾存在的事实” ，并将中国“试图介入台湾政治与社会的发展”视为台湾当前“最大的挑战”。

在北京方面，2012年成为中共第五代领导人的习近平就对台政策做出调整。自蔡英文上台后，北京加大了在国际外交等多层面对台湾的施压，两岸关系明显降温。2019年1月2日，习近平《告台湾同胞书》40周年纪念会上发表演说，以五大原则阐述对台方针，强调推动和平统一，但也明言不放弃武统。