在总统府宣誓之后，马英九正式成为台湾新任总统，也宣告马英九时代来临。稍后马英九在就职典礼上，发表长二十七分钟，名为"人民奋起．台湾新生"的就职演说。对于各界关切的两岸议题部分，他以三分之一的时间说明未来两岸关系的发展。马英九希望海峡两岸能抓住当前难得的历史机遇，共同开启和平共荣的历史新页。他强调，将以最符合台湾主流民意的"不统、不独、不武"的理念，维持台湾海峡的现状。

对于中国领导人胡锦涛近来三次有关两岸关系的谈话，马英九强调两岸应"和解休兵"，他表示，两岸人民同属中华民族，本应各尽所能，齐头并进，共同贡献国际社会，而非恶性竞争、虚耗资源，以世界之大、中华民族智慧之高，台湾与大陆一定可以找到和平共荣之道。

马英九在演说中也特别表达和台湾之间的情感。他指出，从宣示就职的这一刻开始，他深知个人已肩负台湾两千三百万人民的付托，这是他一生最光荣的职务，也是他一生最重大的责任，他虽然不是在台湾出生，但是台湾是他成长的故乡，是亲人埋骨的所在。他尤其感念台湾社会对他这样一个战后新移民的包容之义、栽培之恩与拥抱之情，他义无反顾，别无悬念，只有勇往直前、全力以赴。

马英九这篇面面俱到的演说，受到在场观礼的贵宾热烈的回应，现场群众的加油鼓掌声更几度打断马英九的演说。不过由于在两岸相关议题，并没有预期以外的重大突破言论，因此台湾股市重挫226点，就职庆祝行情并未出现。事实上，包括2000年和2004年总统520的就职当日，台股都是收黑。

除了股市不捧场，由执政党成为在野党的民进党立委也批评马英九的演说内容不但没有新意，对于两岸休兵的论述，更是自我陶醉，而且马英九甚至还朗读胡锦涛的16字箴言，无疑就是自我矮化，民进党立委更质疑，马英九在内政工作除了清算民进党，完全没看到未来价值。但蓝营立委提出反驳，认为马英九在两岸关系上的务实态度，比起过去陈水扁任内两岸闭锁的关系，马英九兼顾台湾尊严也对大陆释放善意，马英九的台湾定位已经获得民心。