2001年9月11日，极端伊斯兰恐怖组织——基地组织成员劫持两架飞机分别冲撞纽约世贸中心的“双子大厦”。劫机者亦迫使第三架飞机撞向五角大楼。第四架飞机坠毁。此次袭击造成超过3000人罹难。

2001年10月7日，作为对恐怖袭击的回应，美国小布什政府发动针对幕后指使嫌疑人本·拉登的所在国——阿富汗的反恐战争。美国捣毁了塔利班政权，同时试图粉碎基地组织。2001年11月3日，喀布尔沦陷。塔利班撤退到阿富汗和巴基斯坦的边境地区。

2001年11月，联合国阿富汗问题会谈在德国波恩附近的彼得斯贝格山（ Petersberg）召开。阿富汗有四个民族派出代表参加会议。与会代表于2001年12月5日就成立过渡政府达成协议，卡尔扎伊(Hamid Karzai)担任过渡政府总统。

2011年12月22日，德国联邦议院以多数票同意联邦军参加联合国在阿富汗的维和行动。驻阿富汗国际维和部队的任务是维护和平与安全和支持政府重建。

2002年3月6日，两名德国联邦军士兵在阿富汗销毁防空导弹时丧生。

塔利班政权倒台两年多后，阿富汗政府于2004年1月颁布了新的民主宪法，定国号为“阿富汗伊斯兰共和国”，实行总统制，为总统大选铺平道路。2004年10月9日，卡尔扎伊赢得大选。

2004年3月31日柏林举行了为期两天的国际阿富汗会议。与会国答应在今后3年内向阿富汗提供82亿美元的援助。德国同意出资8000万欧元。

2006年1月31日，国际社会在伦敦举行的阿富汗会议上提出了五年计划，并承诺提供约105亿美元的援助用于阿富汗重建，帮助该国逐步实现自力更生。

2009年9月3日至4日夜间，两辆油罐车在昆都士附近被反叛武装分子劫持。德国驻阿联邦国防军上校克莱恩下达了空袭的命令，结果造成约140人死亡，其中大多数为平民。

2010年5月31日，德国总统克勒突然宣布辞职。此前访问了驻阿富汗德军回国后的克勒在一次采访中表示，在紧急情况下，“为维护我们的利益，例如为保障贸易通道，军事行动是必要的”。他的此番言论在德国国内引起一片哗然。

2010年7月19日，在戒备严密的情况下，北约外长在阿富汗首都喀布尔举行国际阿富汗会议。这是首次在该国境内举行的阿富汗会议。会议启动推进“阿人治阿”的“喀布尔进程”。同年11月，北约里斯本峰会宣布于2011年起开始撤军，2014年底前完成向阿政府移交安全职责。

2010年9月18日，阿富汗举行新一届议会选举。此前造成至少22人死亡的多起袭击事件令此次选举蒙上阴影。

2011年5月22日，美国海豹突击队攻入恐怖分子头目拉登匿藏在巴基斯坦阿伯塔巴德市（ Abbottabad）的豪宅后，将其击毙。上千美国民众走上街头庆祝拉登之死。

2011年12月5日，第一次阿富汗波恩会议召开10年后，波恩举行第二次阿富汗会议。与会国家和政府领导人就2024年前为阿富汗提供资助达成一致。

2012年5月16日，德国总理默克尔和阿富汗总统卡尔扎伊共同签署了一份德阿合作协议。联邦政府承诺继续向阿富汗提供帮助，交换条件是：卡尔扎伊保证在人权和法制领域进行进一步改革。

2013年6月18日，阿富汗总统卡尔扎伊宣布阿富汗安全部队从北约部队手中正式接管对该国的安全防务职能。接下来的几个月里，国际维和部队将逐步撤出阿富汗。

2013年8月21日，德国联邦国务秘书弗里切（Klaus-Dieter Fritsche）和德国驻阿富汗大使奥扎（Oliver Owcza）将昆都士警察训练中心移交给阿富汗内政部管理。

2013年10月6日，时任德国国防部长德迈齐埃（Thomas de Maiziere）和外长韦斯特韦勒（Guido Westerwelle） 将位于昆都士的德军营地移交给阿富汗政府。

国际部队今年开始从阿富汗撤军。国际社会将继续为帮助该国重建提供几十亿美元的资助。对阿富汗而言走向自力更生的道路依旧充满荆棘。

拜登总统上台后，美军从2021年5月起大规模撤离，8月底完全撤出。伴随着美国撤军，塔利班武装在与阿富汗政府军的战斗中迅速取得上风。截至8月中旬，塔利班已经控制了阿富汗的大部分地区。