马英九台北市长任内特别费案侦结，检方在起诉书中认定，马英九将不需单据的特别费新台币一千一百余万元存入私人薪资帐户，未用于公务，又申请为个人财产，涉嫌贪污。市府秘书余文被查出涉嫌贪污七十六万元，也遭检方以贪污及伪造文书罪起诉。

马英九被起诉的消息传出之后，国民党中央气氛凝重，马英九面对媒体强调，他一向以清廉自许，尊重司法，但无法接受检察官的指控。他从事公职二十多年，使用特别费一切依政府法令规定，没有掩饰，他一定会为自己清白奋斗到底，一直到还他清白为止。

马英九还说，他会信守承诺辞去党主席，但也同时宣布参选二００八年总统大选。

国民党主席马英九因为首长特别费案遭起诉，蓝军立委群起替马英九抱不平，认为这是政治起诉。相对的，民进党立委难掩兴奋，反应截然不同。民进党立委王淑慧感谢司法机关做出正确的判决，不因政治人物的影响力影响判决。

不过，民进党有意参选2008年总统大选的四大天王，副总统吕秀莲、行政院长苏贞昌、民进党主席游锡堃、前行政院长谢长廷都相当低调，表示尊重司法。

马英九辞去主席之后，将由第一副主席吴伯雄暂代，并在3个月内改选新主席。由于国民党内目前有所谓的排黑条款，不得提名有案在身的人参选。国民党未来不排除修改此条款，让马英九能继续代表国民党挑战2008。