海啸发生后一天，印尼军队总司令苏达尔托向叛军组织自由亚齐提出了有限的停火建议，并被叛军接受。自1976年以来，自由亚齐一直在为这一拥有丰富原材料的省份的独立而战斗。自2003年以来，印尼政府在亚齐实行了战争法。迄今死于当地血腥冲突的已有1万2千多人。海啸发生前，印尼在当地驻军达5万。

然而，并不是所有的驻军目前都投入了人道救援行动。著名的印尼日报“雅加达邮报”报道说，针对叛军的军事行动仍在继续。该报援引军队发言人纳赫罗维中校的话说，“我们在这里肩负着两种任务：人道救援和保障安全。”纳赫罗维在回答法新社记者提问时表示，“我们继续向叛军控制地区的涉嫌叛乱分子发动进攻，我们将继续保持高度的戒备。”

但同时，驻扎在亚齐的士兵也将相当一部分时间投入救灾行动当中。据“雅加达邮报”和印尼安塔拉通讯社报道，在没有受到海啸侵袭的亚齐省的东部展开了规模较大的军事行动，3名叛乱分子被打死，访问被焚毁。印尼人权活动家阿古斯万迪证实了这一情况：

“我们今天刚刚听到的报道是，亚齐军队最高指挥说并没有象总统宣布的那样实现了停火。总统发出的是停火的呼吁。我认为，这充分显示了军队的傲慢，也体现了亚齐一个典型的现象，即不论什么事情，总是军队说了算。总统、副总统和其他的内阁成员都发出呼吁，要将全部精力投入救助受灾百姓的行动，但军队却继续其军事行动，并由此左右政治，这简直就是傲慢。”

海啸发生后，印尼新总统尤多约诺就呼吁叛军放下武器，并通过谈判来寻找解决冲突的办法。上周二，印尼政府在亚齐解除了戒严法，并允许国际救援组织畅通无阻地进入灾区。在此期间，外国记者也可以没有特别许可进入亚齐进行报道。

印尼政府对亚齐的新政策看来还没有传到当地士兵那里。不过海啸确实完全改变了亚齐的局势。人权组织“印尼观察”的主席弗罗尔认为：“一方面我估计，交火前线相对的平静说明海啸使印尼军队和叛乱分子的行动陷入了瘫痪，他们都必须重新整理自己的队伍。另一方面人们自然要问的是，亚齐长期以来的内战局面还会持续多久。对此我深表怀疑。目前有数千名美国士兵、林肯号航空母舰、来自澳大利亚、新加坡和德国的士兵驻扎在这里，打破了当地多年来与世隔绝的局面，并吸引了国际社会的注意。现在如此众多了解情况的观察员来到了亚齐，那些当地的小小的冲突是否还能继续下去呢？我对此表示怀疑。”