在巴厘岛爆炸案凶手被执行枪决之后，印度尼西亚在全国范围内大幅度加强了安全警戒。据媒体报道，仅在度假胜地巴厘岛上就投入了超过3500名警力。伊斯兰极端分子已经宣称要采取报复行动，甚至威胁要谋杀总统苏西洛。而位于雅加达的澳大利亚和美国大使馆也在最近几天收到了炸弹袭击的恐吓。

上周日，包括穆斯林强硬派在内的数千人参加了三名巴厘岛爆炸案凶手的葬礼。前一天午夜，这三人分别在三个地方同时被执行枪决。阿姆鲁齐和他的兄弟穆克拉斯的尸体被直升机运到东爪哇的滕古伦村，而伊马姆·萨穆德拉的尸体则被送到西爪哇的西冷。

在棺木抵达各自目的地的时候，恐怖分子支持者和安全部队发生冲突。大量西冷居民举着标语走上街头，宣称巴厘岛爆炸案制造者是"殉道者"。但是也有一些村民对于恐怖分子并不抱同情态度，有人说："这次处决是执行法律。我们不会因此而指责政府。不管这些人来自哪里，如果他们被判决有罪的话，就应该受到处罚。"

鉴于恐怖袭击危险升高，澳大利亚政府警告国民暂时不要前往印尼。2002年发生的巴厘岛爆炸案造成超过200人遇难，而其中有88人来自澳大利亚。

极端伊斯兰教士阿布-巴卡-巴希尔在恐怖分子被执行死刑之前走访了他们的家庭，并把爆炸案凶手称为英雄。他说："他们将被处以死刑使我们难过，但同时又感到高兴。因为他们将作为英雄死去。"

阿布-巴卡-巴希尔被认为是恐怖组织"伊斯兰祈祷团"的精神领袖。但是始终没有证据显示他与巴厘岛爆炸案之间有什么直接联系。他此后因其他罪名而被判入狱，两年前被提前释放。

澳大利亚国立大学印尼学中心的格雷戈-费力教授在接受澳大利亚广播电台访问时表示，必须对伊斯兰主义极端分子采取报复行动作好准备："一般民众可能根本就不会采取任何行动。很多穆斯林领袖已经明确表示，类似巴厘岛爆炸案凶手这样的人对伊斯兰教形象构成损害。但是穆斯林社区中的极端派却很有可能有所反应，特别是那些对伊斯兰圣战抱有同情态度的人。这些有暴力倾向的伊斯兰主义分子把巴厘岛爆炸案凶手称为殉道者，他们可能会发动袭击行动。"

在2002年10月12日巴厘岛恐怖爆炸袭击发生之后，印尼政府制定了大量反恐法案。此后在警方的打击之下，恐怖组织"伊斯兰祈祷团"的势力明显遭到削弱。