但是，就在日本通过设在台北的所谓“交流协会“给李登辉发放15天观光签证后，中国驻日本大使王毅立即在东京发表讲话，要求日本改变这一方针。他说，李登辉是台独势力的总代表，尽管他已经不担任公共职务，但仍然是台独先锋。中方希望日本改变态度。一个捣乱者可能变成好战者。

日本首相小泉纯一郎重申他没有理由阻止８１岁的李登辉以个人身份来日旅游，况且李登辉还在日本留过学。但是，在20日举行的记者招待会上，日本内阁官房长官细田博之向记者表示，希望他们不要把李登辉的这趟旅游当作一件大事，不要到机场或饭店。在宪法明确规定保证新闻自由的日本，官方提出这样的建议实属罕见。

据日本媒体报道，李登辉去年夏天就提出想访问日本，但东京方面为避免影响小泉首相和中国国家主席胡锦涛11月在亚太经合组织智利峰会上的会晤没有对李登辉的要求做出积极的反应。

2001年4月，李登辉曾赴日就医，当时，北京方面也向东京表示强烈抗议。

本周一，大约45名抗议者在日本驻华使馆外高呼口号，抗议日本计划向李登辉发放签证，并以此粗暴干涉中国的内部事务。最近一段时间来，中日关系可谓雪上加霜。中国潜艇进入日本水域风波以及日本在防卫大纲中将中国视为潜在威胁都使两国关系受到影响。日本首相小泉纯一郎坚持要参拜靖国神社的表态也引起中国官方和民众的强烈抗议。

李登辉在担任台湾总统的12年中，竭力提高台湾的外交地位，并于1999年抛出两国论。在北京眼里，李登辉是台独势力的总代表，是两岸关系及地区稳定的破坏者。中国无法接受日本政府一方面声称坚持一个中国立场，一方面又为分裂中国的急先锋开绿灯。