第二部分内容原本应在两周前公布，但鉴于美军虐囚丑闻当时刚刚曝光并招致世界舆论的强烈谴责，布什政府因此做出了推迟公布该报告的决定。目前公布的第二部分报告只着眼于反对侵犯人权所取得的成果，比如今年一月格鲁吉亚推翻腐败的政权，自由选举新的政府。

美国国务院在报告中指出，在约旦河西岸及加沙地带，以色列和巴勒斯坦当局的人权纪录同样糟糕。报告对以军滥用暴力，造成大量人员伤亡予以严厉谴责并指出，以军摧毁巴勒斯坦人的房屋以及实行戒严是对无辜平民的惩罚。此外，以色列方面还经常阻止巴勒斯坦人获得医疗援助，在400多个检查哨所都发生过巴勒斯坦平民被骚扰的事件。

报告也以同样明确的态度对巴勒斯坦自治当局侵犯人权的问题予以了强烈抨击。报告指出，巴勒斯坦安全力量，比如巴勒斯坦解放组织法塔赫运动的成员参加了袭击以色列的行动，巴勒斯坦监狱中屡屡发生囚犯被虐待的事件，法庭也不能做出公正的裁决。

在介绍该报告时，美国副国务卿阿米蒂奇强调说，报告中也提到美国几个最亲密盟国以及美国在反恐斗争中最新，最重要的盟友的人权问题，此外，报告也涉及与美国没有建立全面外交关系的国家，如伊朗和朝鲜的人权状况。阿米蒂奇补充道，报告对所有国家，不管是朋友或敌人都使用了同样的衡量尺度，包括对美国本身。

也许正因为如此，美国才推迟公布该报告的第二部分内容。美军在伊拉克虐待战俘的丑闻使美国成为众矢之的。阿米蒂奇并不回避这个话题：

“我们看到，过去几周中美国人在伊拉克侵犯人权事件的大曝光动摇了人们的一些价值观。“

尽管如此，美国国防部的人权报告认为，总的来说，萨达姆侯赛因政权被推翻后，伊拉克的人权状况有了改善。美国目前正在参予记录前萨达姆政权侵犯人权的事件。