虽然政府方面和转基因稻米的支持者们认为这是一大成就，但反对者们却认为，虽然转基因稻米能够防止虫害，但是对于人类和环境的长期影响却依然无法预见。绿色和平组织中国分部的施鹏祥在接受德国之声记者采访时表示，“我们都知道稻米是中国人的主粮，所以对于稻米产品的检验应该非常严格，而不是拿几只老鼠做三个月实验就可以做结论的。”对于这一批评，有关专家并不认同。负责该项研究的中国科学院遗传与发育生物学研究所朱祯教授首先表示，转基因稻米是否全面推广是由农业部下属的安全委员会决定的，据他所知，目前还没有确切的消息，但是中国政府在该项目上态度积极是肯定的。另外，关于安全检测方面，国家和国际都有法定标准，他们的实验也是完全按照这些标准执行的，因此反对者提出以上质疑是没有根据的。

从上世纪90年代以来，中国政府就在转基因技术研究上投入了大量资金，六年前，中国率先推广转基因技术培育的棉花――BT棉，目前BT棉已经在中国占据了半壁江山。BT棉就是在棉花基因中植入一种能够杀死害虫的蛋白质，从而使棉花有抵抗虫害的能力。而现在的转基因稻米也是根据这一原理培育出来的。支持者们希望能够通过转基因稻米的推广，彻底解决中国的粮食问题。因为缺乏耕地面积和地下水位降低使得中国许多地方的农业耕种异常困难。引进抗虫棉花还可以减少农药的使用量，这不仅对于人类健康，而且有利于保护环境。

中国政府和转基因技术的支持者们在推动转基因食品的问题上正在尽一切可能避免负面报道。这与90年代初的“转基因烟草”风波大不相同。当时，世界知名的烟草集团菲利浦－莫里斯集团曾经拒绝采购中国生产的转基因烟草，中国为此大做文章。原因很简单，烟草集团本身的公众形象就比较差。但这次的情况就不一样了，因为中国的稻米主要是供应国内需求的，而大量的负面报道将有可能给转基因稻米的推广带来困难。

尽管如此，在中国媒体和网络上还是出现了不少反对转基因稻米的言论，其中，很多人对于垄断转基因技术的一些跨国公司提出质疑，而绿色和平组织也认为这些国际巨头在推动中国转基因项目上起了推波助澜的作用，其中包括占有转基因技术最大市场份额的美国孟山都（Monsanto）公司，“中国现在正在申请将转基因水稻推向市场的一个科学家，他有一个美国的研究伙伴，而这个研究伙伴事实上就是孟山都给予经费的。我相信还有很多内幕的事情是我们所不知道的。如果中国在如此重要的农作物上走上转基因的道路的话，对那些公司将会是非常有利的。”对于这一说法，朱祯表示，“首先我没有和那些公司进行合作，但是，我认为这（合作）也是无可指责的，他是一个合法的公司，为什么不可以跟他合作呢？不过，我觉得转基因技术不应该垄断，应该造福全人类。”