在周六的大选中，民进党候选人陈水扁仅以3万票的微弱优势胜出。而在总共1300万张选票中，被宣布无效的就有33万多张。选举结果公布后，反对党国亲联盟即指责这是一次不公平的选举，候选人连战、宋楚瑜提起选举无效，当选无效的诉讼，要求重新验票。台湾高等法院于周日做出决定，查封所有票箱，以备查验。

国民党主席连战指出，此次大选“疑云重重”，尤其是周五的枪击总统事件，直接影响了投票结果，要求政府及早澄清。周五，陈水扁和副总统候选人吕秀莲在台南参加竞选活动时，遭不明身份者枪击，两人均受轻伤。台湾警方目前尚未逮捕任何嫌疑人，官方称调查工作未取得大的进展。舆论普遍认为，枪击事件为陈水扁带来了一部分额外的同情票，因而影响了选举结果。

自周六晚开始，泛蓝阵营的支持者在台湾各地举行了抗议活动。在高雄和台中，抗议者和警察发生了冲突。周一，台北总统府前仍有1000多人静坐示威，表示要坚持到重新验票才离开。泛蓝阵营计划在本周六发动大规模游行示威。陈水扁和吕秀莲自20日晚宣布选举获胜后，还未在公开场合露面。

台湾高等法院周一正式就选举诉讼分案审理。高院院长张信雄强调，该案会在法定6个月期限内速审速结，并呼吁民众保持冷静，相信司法。

中国大陆官方机构对台湾大选及诉讼纠纷基本保持沉没，只表示将关注事态发展。媒体也遵照指示，除简短消息外，不发表任何评论。周一，英文中国日报援引厦门大学台湾研究所所长范希周的话说，公投结果证明台湾民众希望海峡两案建立和平稳定的关系。周六与总统选举同时举行的和平公投，因对两个议题的投票率均未超过50％而被宣布结果无效。

香港政界亲大陆人士指出，台湾大选的例子说明，民主走上不健康的歧途，及过早实行普选，会造成怎样的混乱局面。他们说，如果没有一个好的制度，民主不会给大众带来益处，这应该引起香港人的深思。

另外，台湾国防部周一证实，国防部长汤耀明已提出辞职。汤耀明表示，是因年龄和健康原因而辞职的。汤耀明原为国民党党员，自2000年陈水扁当政以来一直是民进党政府内阁成员。