北京非常不愿意看见台湾领导人访问美国，对于台独理念坚定的陈水扁访美更是非常敏感。台湾外交部长陈唐山在新闻发布会上对媒体表示，陈水扁将在夏威夷和西雅图逗留两晚，并会见美国政界人士，其中有可能包括布什总统的弟弟，现任佛罗里达州州长杰布.布什。同时他还说，台美双方对于陈水扁过境的具体细节已经达成共识，而台湾方面将尽力保证遵守这些约定。由于此前台湾总统府和外交部对于陈水扁的行程三缄其口，因此，台湾媒体在报导陈水扁过境美国城市的时候众说纷纭。 有报导说，台湾国安会秘书长邱义仁为了陈水扁过境美国，特别前往华盛顿协调，希望争取陈水扁在美国东岸华盛顿，巴尔的摩，波士顿等富有政治意义的城市过境。但是美国希望低调处理陈水扁过境安排，过境东岸的希望不大。从目前夏威夷和西雅图这两个过境地点的选择来看，美方刻意冷处理的意味还是非常明显的。

作为台湾最重要的盟友和武器提供商，美国官方表示允许陈水扁过境是出于旅途安全以及舒适方面的考虑，并没有政治因素在内。事实是，由于不希望在这个台湾问题上激怒中国，华盛顿政府不可能正式邀请陈水扁以官方身份访问美国。

多年来，中国政府在国际社会采取孤立台湾的政策，目前，只有26个国家承认台湾的主权国家地位，而其中绝大多数都是中美洲和非洲的小国。去年，陈水扁出访时曾经在纽约逗留，接受了一个人权组织的颁奖，并在一千多名听众前发表了演说，台湾认为此举是台湾外交的一大突破。

这次陈水扁将在8月29日启程前往拉丁美洲，途中在夏威夷逗留一夜。9月1日，前往巴拿马参加新任总统马丁.托里霍斯的就职典礼，随后访问另一个台湾的邦交国伯利兹。9月5日，陈水扁将过境西雅图返回台湾，结束此次访问活动。由于中国大陆和台湾互相指责双方使用美元外交拉拢邦交国家，因此陈水扁此次出访是否会给巴拿马和伯利兹提供援助也成为了媒体关注的话题，对此台湾外长陈唐山表示，是否对拉美邦交国提供经济和技术援助还没有确定，但是作为地球村的一员，台湾非常自豪能为盟友提供帮助。