出于安全因素，民进党竞选办公室下令停止一切竞选活动。但台湾选举委员会宣布，周六的大选将按计划进行。

据台湾总统陈水扁办公室证实，当地时间下午1时45分，总统陈水扁和副总统吕秀莲的竞选车队经过台南时，遭到枪击。吕秀莲当时突然感到右膝盖剧痛，以为是炮竹所致。而不久之后，陈水扁发现腹部已被鲜血洇湿。两人被迅速送往附近医院。在此期间，医生已从陈水扁腹部取出了一枚子弹，伤口很深，大约3厘米。目前，二人均无生命危险。

这是第一次台湾总统遭枪击的事件。截至发稿时间，尚未有人宣称对袭击枪击事件负责。官方也不愿对此进行猜测。当地电台没有转播事件发生经过，但播放了陈水扁所乘红色轿车的挡风板被一枚子弹射穿的镜头。

尽管发生了枪击事件，台湾选举委员会宣布，周六的总统大选和公投将按计划进行。

现年53岁的陈水扁和59岁的吕秀莲是坚决主张台湾独立的两名民进党政治家，因此受到中国政府的敌视。从迄今的竞选情况来看，陈水扁、吕秀莲的绿营和反对党－国民党连战和亲民党宋楚瑜组成的蓝营的民众支持率不相上下。因此两大阵营均在选战最后一天安排了大型拜票活动。

陈水扁出生于台南地区的一个小村庄，而台南历来是支持民进党的大本营。1985年，恰恰也是陈水扁在台南竞选县长时，走在游行队伍中的陈水扁夫人吴淑珍被一农民的拖拉机压成重伤，导致瘫痪。陈水扁坚持说，这是国民党指使所为，是一场阴谋，但并未找到相关证据。而驾驶拖拉机的农民和国民党坚决予以否认。该案最后做意外事故处理，据称，此农民是陈水扁的一名支持者。

陈水扁、吕秀莲遭枪击后，中国官方没有立即对此做出反应。外交部称，这是国务院台湾办公室负责管辖的事务，但打到国台办的电话一直没有人接。与前两次台湾总统大选时不同，中国所有的国家媒体对周六将举行的总统大选保持沉默。只有“解放军报”刊登了一篇报道，称巴基斯坦、巴西和捷克政府支持“一个中国政策”，承认台湾是中国不可分割的一部分。

台湾国家安全机构在此期间加强了对现年67岁的反对党候选人连战及其搭档宋楚瑜的人身安全保护措施，因为国亲两党计划周五晚举行最后的竞选活动。

与主张长期目标与大陆统一的连战不同，陈水扁认为，台湾实际上是一个独立的国家，不受北京政府管辖。而陈水扁推动的公投议案不仅激怒了北京，也使其传统的盟友美国和一些西方国家不快。周六，举行大选的同时，台湾选民还将就面对来自大陆的导弹威胁，台湾否要加强其军事防御能力进行公民投票。