香港市民的“三罢”行动造成香港各界交通受阻，多所大学宣布停课。11月13日，示威抗议的主战场从香港中文大学转移至理工大学。11月17日，香港警方包围理大校园，试图驱散校内示威者，并在校园各路口布置路障，同时封锁红磡海底隧道。

111月18日，警方在校门外与示威者爆发激烈冲突。港警用水炮车、催泪弹等攻击示威者，示威者则用燃烧弹、弹弓、弓箭等自治武器对抗警方。冲突持续至周日凌晨才略有缓和。经过夜间的激烈对峙，警方收紧了对理工大学的封锁，并逮捕了多名从理工大学步出的人士。

示威者为了躲避警方抓捕，冒险攀爬绳索从天桥垂降到车道。警方发现后发射催泪弹。据称截至18日晚间，约有600人离开理大校园，其中400人立即被捕。同日，香港高等法院裁定，香港政府根据英治时期《紧急法》制定的《禁蒙面规例》违反基本法。此日，中国全国人大表态称，香港特别行政区法律是否符合《基本法》，只能由全国人大常委会做出判断和决定。

多数人在18日已逃脱，部分人被劝去“自首”或被警方“登记资料”后离开。经过教育界与政界人士奔走协调，最终和警方达成协议，小于18岁者在登记个人资料后便可离开，不会立即实施拘捕。据报道，警方大约拘捕或登记1000人，其中年龄不满18岁的300人登记后离开。“围城”第四日，仅有数十名抗议者留守理大校园。

11月25日，香港区域会选举结果公布，民主派获得压倒性胜利，在全部452个议会席位中取得 388席，惨败的建制派则失去大部分席位，香港政治版图一夜间被改写。林郑月娥表示，特区政府尊重选举结果，并会虚心聆听市民的意见。当日下午，数名民主派区议会当选人前往理大支援留守人士。

11月26日，理工大学校方派遣多个小组进入校园搜索留守者。理工大学副校长指出，校内卫生情况恶劣，并强调已搜索每一间房，认为仍有人留守的可能行不高。同日，逾2000名校友发表联署信，呼吁政府与警方及校方宽容及人性化处理被困人士，尽快处理校内危险物品及卫生问题。

11月27日，港府宣布红磡海底隧道修复完成并恢复通车。此前，位于理工大学附近的交通要道红隧受到反修例示威影响，从11月14日开始封闭。11月28日，香港理工大学被围第12日，警方进入理工大学搜证及处理危险物品。

香港理工大学发表声明称，校方及相关政府部门11月29日上午完成清除危险品的程序，警方宣布解封校园。香港电台报道称，警方在理大共搜检到3989枚汽油弹、1339件爆炸品、601支腐蚀性液体及573件武器。校方表示，由于校园仍“存在不安全因素”，而且清理、盘点及修复需要时间，因此校园仍需关闭。