马英九的得票率超过58％，高出对手谢长廷17个百分点。可以说，民进党被彻底选下了台。在立法院选举全军覆没之后，民进党又丢失了总统宝座。

马英九发表了这样的胜选感言："选举的结束是承担责任的开始，是改变的开始。唯有改变，台湾才有希望，唯有改变，台湾才有机会。"

选前的民调中，马英九始终明显领先于民进党竞争对手谢长廷。选举前一周发生的西藏事件，台湾前总统李登辉、中央研究院院长、诺贝尔奖得主李远哲最后关头力挺谢长廷，这些是否会给民进党选情带来有利的转变，谢长廷的逆转胜运动收效如何，由于最后一周不再公布民调情况，所以这些都成了选前的悬念。现在看来，这一切都没有给选民的抉择带来影响。根据台湾国立政治大学的严震声博士的分析，过去一周发生的事情没有影响选民的决定。他认为，选民在一周之前就做出了决定。据对选举行为的分析，百分之九十的选民早已作出了选择。

严震声认为谢长廷遭惨败的最主要原因是台湾民众对陈水扁执政8年的极度不满，他指出，谢长廷难以分割他与陈水扁的关系。他曾担任了一年的行政院长，他的副手苏贞昌也曾是行政院长，他们是现有体制的一部分。

在前台南市民政局长许兑昀看来，马谢得票率如此悬殊的原因是，这次有一百万首次参选的年轻人，他们当中80%投了马英九和国民党的票。

作为胜者的马英九向对手谢长廷伸出了和解之手。他表示，国民党在执政之后一定努力争取民进党和其他在野党派的合作与支持，共同为台湾的前途打拼。他许诺说，将把谢长廷提出的19项政见也作为未来施政的重要参考。

虽遭失败，谢长廷仍表现出相当的风度，他对他的支持者说，要接受失败，不要再有抗争，让台湾社会尽快修补选举造成的裂痕，让人民很快生活在爱与信任的环境里。