尤其在911事件刚刚发生之后的那段日子里，穆斯林在德国的境遇十分不利。德国穆斯林中央委员会主席叶利斯说：“在刚刚发生了911事件之后的那段日子里，气氛紧张极了。穆斯林收到了各种各样的威胁，包括谋杀、在大街上的公开谩骂等；儿童和戴着头巾的妇女的境况就更不用说了。当然，穆斯林机构也受到了直接的威胁。某些清真寺遭到不同程度的破坏。但是后来，德国出现了一种试图理解认识穆斯林的局面，给我们带来了希望。人们突然对伊斯兰教、对穆斯林产生了浓厚的兴趣。我们那时就强调说，希望这样的热情不至于很快消失，我们也应该认真思考，如何应对当前的局势。”

伴随这一现象而来的是一系列不同文化间交流项目的诞生。教会、地方和大学纷纷举办各种与穆斯林进行交流的对话论坛、讨论等活动。穆斯林当然欢迎这样的活动，并且予以大力支持。新近出现的对伊斯兰教的浓厚兴趣其实极少涉及穆斯林的日常生活，最令人们感兴趣的是以真主名义从事的的恐怖主义活动。

一位来自科隆的教育系学生对此发表了个人的看法：她说：“我认为，媒体的报道起到了某种误导作用。我们穆斯林已经在这儿生活了40年，也许还要更长一些，媒体的报道其实与真正的伊斯兰教无关，他们只报道了恐怖、袭击，并没有向人们介绍什么是真正的伊斯兰教。”

鉴于恐怖袭击，德国也极大地严格了相关的安全法律。叶利斯强调指出，德国穆斯林中央委员会对上述措施予以支持，包括对来自阿拉伯国家的学生宿舍进行检查等。

不过，叶利斯也对相关安全法律的具体落实和安全人员的某些做法提出了批评：“一段时间曾出现了一连串不该发生的事情。人们穿着靴子，在周五祈祷时对清真寺进行检查，有时甚至是午夜时分。这都对普通穆斯林的正常生活造成影响。他们于是问自己，我们为什么要忍受这一切，只因为我们是穆斯林吗？只因为我们拥护这个国家，拥护这个国家的基本法吗？穆斯林与德国居民间的相互信任的确受到了影响。”

在德国，许多人对穆斯林的印象与暴力，妇女受压迫、伊斯兰教狂热信徒对其他宗教和西方价值观的不宽容等是联在一起的。波恩土耳其－伊斯兰文化协会攻关负责人阿克萨尔认为，基于错误认识产生的恐惧心理，会导致怨恨以及对伊斯兰教和穆斯林的全面否定。

阿克萨尔说：“也许我还不能说，这是怨恨或偏见－但是这却是人们不大能够逾越的障碍。也许需要外界的帮助吧。”

越来越多的穆斯林认识到，德国的非伊斯兰教徒无法凭借自己的力量克服这道障碍。穆斯林社团应该更为积极地参与公众生活，表明自己的立场。

阿克萨尔说：“我希望穆斯林更加积极地参与政治等各种活动，明确自己的权力，并为自己的权力而奋斗。目前，穆斯林在这方面几乎无所作为。穆斯林实在太沉默了。为此，我们必须更积极，更努力，只有这样才能消除人们的偏见，争取更多的权利。”

在9.11二周年纪念日，德国政界许多人发表了讲话。联邦内政部长席利说，他不担心二周年之际会发生恐怖活动，据德国安全部门估计，不存在某种“周年纪念日恐怖主义”活动的可能性。

巴伐利亚内政部长提出要在德国建立一个新的安全机制，即结合警察、情报机构和国防军的力量。政治家们似乎尽可能避免“穆斯林恐怖主义”这样容易引起误解的用词。然而，对恐怖主义的戒心乃至推而广之对穆斯林的戒心仍然是存在的。