美国军事法庭的历史可以上溯到林肯执政的时代。林肯、威尔逊和罗斯福总统都曾在战争时期设立过军事法庭。1942年二战期间，罗斯福最后一次下令由军事法庭审理德国人在美国涉嫌从事破坏活动的案件。这一审判当时就曾引起争议，但罗斯福的决定得到了美国最高法院的认可。

最高法院的这一裁决成为布什总统2001年11月设立军事委员会的主要法律依据。有专家认为，军事法庭的设立至少在美国还有法可依，但却是明显违反国际法的。德国耶拿大学国际法教授海德里希指出，以美国最高法院1942年的裁决为先例的做法是有问题的，因为当时还没有对美国具有约束力的国际民权公约。该民权公约保证每个被告都有权在一个独立的法庭依法接受审判，并有上诉的可能。而实践证明，军事法庭并不是独立的。

军事法庭与普通法庭的区别在于：只有非美国公民才能在军事法庭受审，军事法庭上对证据的要求不如一般法庭严格，而且被告没有上诉的可能。另外军事法庭与国家行政机构间的关系十分密切。对于军事法庭可能引起的麻烦，白宫和五角大楼并不是不清楚。德国马克斯－普朗克研究所的美国法律问题专家希尔弗曼认为，美国政府和最高法院之间正在酝酿一场权力的较量。如果政府炮制有悖于美国宪法的司法形式，最高法院不会长期袖手旁观。最高法院近期的一些裁决也说明了这一点。

今年6月底，最高法院裁定，尽管关塔纳摩基地关押的犯人不在美国本土，但他们有权向美国民事法庭提起诉讼。几个月前的这一判决可能预示了最高法院日后其他裁决的方向。在关塔纳摩军事法庭上设立的军事委员会是一个特殊的审判机构，它既不属于军事、也不属于民事司法管辖权。因此最高法院可能裁定，负责审理关塔纳摩涉嫌恐怖分子的应是美国法庭，而不是司法体制之外的特别军事法庭。

不过，在最高法院作出相应的裁决之前，案件的审理将按原计划进行下去。专家们认为，尽管军事法庭的倾向性很明显，但判决结果仍是无法预测的。国际法专家海德里希指出，被告的律师也是军人，却对审判本身提出了强烈批评，这是十分值得注意的现象。她希望，军方的律师会利用一切可能的手段，为他们的当事人辩护。