中国目前是菲律宾最重要的贸易伙伴，但因两国在南海主权问题上的巨大争议，也被菲律宾视为一大威胁。2023年，中菲两国海警船多次在争议岛礁水域发生冲突、碰撞，北京和马尼拉相互指责对方危险挑衅、违反国际法。

2016年7月，设在荷兰海牙的常设仲裁法院（PCA，内景图）宣布对菲律宾南海仲裁案的裁决，全面否定了中国长期坚持的“九段线”内对南海海域和岛礁拥有的历史权利，也几乎全面认同了菲律宾方面提出的一应诉求。裁决招致中国方面严词反驳。中国称仲裁结果是“非法、无效”的，并表示“不接受”、“不承认”。

2016年上任的菲律宾总统杜特尔特认为，北京从未参与这一菲前任政府提请的仲裁，因此这是一份对中国没有约束力的文件，并说“其实根本没有仲裁”。杜特尔特在执政期间搁置了菲中在南海问题上的主权争议，以此换取中国的投资和贸易。

普遍评价认为，杜特尔特上任后采取接近中国、疏远美国的路线。菲律宾减少了同美国的联合演习等军事合作，同时寻求中国的投资，包括用于发展该国的基础设施建设。不过《纽约时报》引用的数据显示，在杜特尔特任总统期间，中国只兑现了其承诺在菲律宾投资240亿美元中的3%。

2022年5月当选菲律宾总统的小马科斯改变了前任的对外政策，重新加强与美国的联盟和防务合作，包括重启美菲在南中国海的联合巡航，并重提维护南海仲裁和菲律宾的主权，坚称“不会允许我们的海洋权利受到一毫米的践踏”。 菲律宾开始高调谴责北京入侵马尼拉的200海里专属经济区，驱赶菲律宾渔民。

2023年元旦过后，小马科斯访问北京，受到中国领导人习近平的隆重接待。双方强调了中菲睦邻友好关系，以及以友好协商方式处理“海上问题”的愿望。之前在2022年7月，小马科斯对到访的中国外长王毅表示，对马尼拉和北京之间的“交流”持开放态度，“西菲律宾海并不是我们的关系中唯一的一个方面。”

2023年2月，美国防长奥斯汀宣布与菲律宾达成协议，美国军队获准进入菲律宾另外四个军事基地。这意味着美军将扩大在菲律宾的部署，尤其是针对中国在南海和台海的军事存在。此举激怒了北京。中国外交部指责美国是在加剧地区局势紧张，危害地区和平稳定，并称“地区国家应当对此保持警惕，避免被美裹挟利用”。

菲律宾称为阿云津礁、中国称仁爱礁的一处环礁成为中菲领海争端的聚焦点。1999年，菲律宾将一艘旧军舰“马德雷山”号搁浅在该处，并派人驻守。中方一直要求菲律宾将船拖走，并一再阻挠运送补给的船只。

2023年下半年，菲律宾多次指责中国海警船阻拦菲补给船接近环礁。10月和12月发生两次船只碰撞事件，菲律宾方面指责中国海警用水炮攻击菲船只。2023年2月，中国海警还向一艘菲律宾船只使用“军用级别的激光”，导致菲律宾船员短暂失明。