峰会刚开始，关于贸易问题便再起争端。导火线是欧盟和美国贸易代表们的一个共同文件。这份非正式文件要求为发展中国家更大规模地进入工业国家市场敞开大门。作为相应条件：发展中国家要努力改善他们的统治形式。

欧美的这一提议被人们高兴地视为停滞不前的贸易谈判的一个突破。然而，一些政府组织则认为这是对这个环境峰会目标的一个突然袭击。

绿色和平组织的帕尔蒙提尔说：“这是想把世界贸易组织议题硬塞给本次峰会的一个肮脏诡计。这是绝对荒唐的。因为，约翰内斯堡这次峰会的目标本应该是，找出里约热内卢的决议为何未能实施。非常清楚，并且有证据证明，不计代价去实现贸易自由化和世界贸易组织的作用正属于里约热内卢决议未能实施的主要原因之列。”

因此，非政府组织要求为了环境方面的考虑而适当削减对自由贸易的强调。欧盟的贸易代表们则认为，他们受到的指责是冤枉的，他们最关心的也是可持续发展。

环境与自然保护联盟的密特勒尔认为，欧盟的这种说法并没有什么道理，他认为，自由贸易的观念会有一些隐藏在关于可持续发展的言论底下。如果存在好的理由，环境保护的理由和保护人类健康的理由，有时贸易得让点步。

上届多哈世贸组织会议作出的服务业自由化的决议，尤其是非政府组织的眼中钉肉中刺。与此同时，他们又认为多哈世贸组织会议的一些决议步子太慢。比如，他们批评富裕国家以巨额的补助保护自己的经济，防止发展中国家产品涌入。据世界经合组织估计，仅去年这些国家对农业的补助就超出2.3－3亿美元，多于每年国家的发展援助金额。

工业国家进退两难。多哈的世贸组织会议决定，关于减少补贴的谈判延缓至2005年之前。而现在欧洲委员会贸易代表团团长普利切尔则干脆说：“发展中国家忽然要求减少补贴，也许恨不得我们完全取消这些补贴。这是我们不愿意做的事，是我们不能接受的。欧洲社会也永远不会接受。”