长谷川年木被处死数小时之后，其家人便得到电话通知来领取尸首。同时还被简短的询问是领取完整的尸体还是领取骨灰。而因3次杀人罪早在1985年便被判处死刑的长谷川年木在等待处决16年之后，突然获知死亡来临。2001年12月27日，长谷川年木被从睡梦中唤醒并被告知他的末日已到。在日本，通常都是囚犯及其家属在死刑执行前数小时才获得通知。在狱中成为基督徒的长谷川年木在被绞死之前获准在一个佛教祭坛前做最后一次祈祷。

监狱看守甚至不让长谷川年木吃临死前的最后一餐，便将他押送到位于日本第4大城市名谷屋监狱的行刑室。在这里，长谷川年木被蒙上了双眼，捆绑了双手，脖子上被套上了绳索。接到指令之后，5名监狱工作人员同时各自按动一个按钮，地面上的一个折叠门向地下打开。

长谷川年木的身体掉入地下的洞穴，脖子上的绳套一下子扯断了他的脖颈。实际上，5个按钮中只有一个按钮打开了通往地洞的折叠门，因此，狱卒们自己也不知道究竟是谁杀死了犯人。日本实行这套体制已经30多年，目的是为了不让狱卒们有自己是刽子手的感觉。然而，谁也不知道长谷川年木临死前的真正情形。因为日本基本上对处决实行保密的原则。日本司法部对处决仅发表简短的新闻告示。执行绞刑时的过程只有目击者的描述，但是日本官方从未证实过。日本女司法工作者大冢喜美子对多位狱卒进行了访问之后表示。

保密的原因是国家对于自己的这种行为感到羞耻。国家这样做也是为了避免要澄清一方面禁止杀人，一方面自己却在杀人的这种自相矛盾的局面。没有人解释日本的这个矛盾的现象。因此日本对执行死刑一直是遮遮掩掩。

被绞死人的姓名只有在家属公开以后外界才能得知。30年来日本的议会议员不得查看监狱中的行刑室。日本司法部迄今采用这种办法杜绝了人们对死刑的讨论。日本国际大赦组织秘书长寺中说：”日本的死刑很难起到威慑作用。政府只想通过死刑向老百姓显示，政府在维持了国家正常的法律和秩序。“

日本的人权人士认为，那些被判处死刑的人受到了不必要的虐待。比如死刑犯不得同其他犯人交谈，不得看电视，也不许有个人爱好。而且只允许直系亲属探望。探望时双方的交谈也要受到监视。给死刑犯的信件全部要被事先检查。有四分之一的死刑犯根本得不到亲人探视。犯人住的牢房也十分拥挤。死牢只有大约7平米。由于大约一半的死牢得不到日光，致使不少犯人只能吞服大量安眠药派遣内心的孤独。一位修女说：”在日本被判处了死刑的人只在肉体上还感觉自己还是个人。在社会上他已经死了， 因为他被完全孤立了起来。我对政府拒绝让罪犯过上人一样的生活，拒绝让他们赎罪感到非常遗憾。“

民意测验显示， 80％的日本公民支持死刑。但是不少对死刑持反对态度的人认为， 这是因为政府对执行死刑采取了保密的做法导致的。他们认为， 如果老百姓知道了死囚的关押条件和死刑的执行过程，那么将有更多的日本人站出来反对死刑。而且也应当让更多的日本人知道他们的法律是多么荒谬。。按照日本法律，只有至少杀害了3人才会被判处死刑。而且如果杀害的是自己家属也不计算在内。