在过去的很长一段时间里，日本对签订双边性的自由贸易协定并不热衷。日本前通产副大臣、日本贸易振兴会的主席岛山登说，因为忽略了自由贸易协定的意义，日本开始感到“在欧盟和北美自由贸易协定区(Nafta)之外倍感孤立。现在世贸组织的成员国越来越多，建立双边自由贸易协定变得越来越困难和旷日持久。”

在自由贸易协定问题上，日本感受到的最大压力是来自中国。中国与东盟于2002年启动自由贸易协定谈判，协定于今年夏天起正式生效。岛山登指出：“中国和东盟实际上更多的是竞争对手，自由贸易协定不会为双方带来太多实惠，但是此举的重要意义在于中国赢得了政治上的朋友。”

中国在东盟的动作给日本的外交部敲响了警钟。世界著名的咨询公司高盛在日本的地区经理科蒂斯说，日本开始担心“中国在亚洲进一步扩大其政治影响。”出于对自己在东南亚地位的担心，日本今年以来加紧了与若干东盟国家谈判自由贸易协定的步伐，四月以来又启动了与整个东盟以及与泰国、韩国和印尼的谈判。到五月底，日本政府已经与相继与墨西哥和东盟的新加坡、菲律宾和马来西亚三国分别达成了双边自由贸易协定。

随着日本经济结构调整，日本对外贸易近年来有从北美和欧盟逐步向东亚地区转移的趋势。日本经产省认为，日本与东盟集团建立自由贸易伙伴关系后，会为日本带来巨大的贸易增长机会和就业机会。日本的出口工业指望在五年内将与自由贸易伙伴的贸易额比重从现在的5％提高到25％，长远的目标是提高到50％。

东京大学经济学教授伊藤元重认为，日本不但期待自由贸易协定给日本带来经济好处和原材料来源，还希望它会产生一些积极的副作用，如促进日本国内市场的结构改革，使得保守的农业和建筑业变得更加开放和具有国际竞争能力。不过，日本政府的这些努力在国内遭到那些受到保护的行业的竭力抵制，例如，日本的钢铁业、制革业和农业对日本与韩国的自由贸易协定谈判进行了百般阻挠。

中日两国自邦交正常化以来的30年中，贸易额增长了100多倍，2004年中国取代美国，成为日本的第一大贸易伙伴。但是，中国与日本在建立双边自由贸易协定上始终难有进展。如果说1999年之前是日本态度比较积极而中国比较消极，那么1999年之后则是中方比较积极，如提出中日韩经济整合构想，而日本则反应冷淡。

也是在2004年，日本让出了第一大对华贸易伙伴的位置，退居到美国和欧盟之后。可以想象，一旦中日建立双边的自由贸易协定关系，欧盟在这两个国家市场上必然受到一定的歧视。因此，小泉惹恼了吴仪，却让欧盟暂时松了一口气。

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