陈日君在前往梵蒂冈接受罗马教皇册封枢机主教的途中，在德国做了短暂停留。他在接受媒体采访时，对本笃十六册封他为枢机主教的背景和动机进行了解释。

香港一向被视为联接中国和西方的桥梁。陈日君认为，梵蒂冈册封香港的主教为枢机主教，当然会有政治后果。但是他相信，教皇在这个问题上想的不是政治，而是中国的教会和人民。这才是他的真实目的。

媒体注意到，陈日君在香港为民主、自由和人权仗义直言，且在2003年被评为香港“年度风云人物”。任命陈日君为枢机主教，有一种挑衅的味道。但陈日君指出，北京政府会对此有政治上的诠释，他能理解。但是教皇肯定是想通过此举来促进梵蒂冈与中国的对话。教皇想在与北京的对话中有一个中国的声音，这个声音能真正告诉他，问题的关键是什么，背景是什么。他不认为，他的晋升与他在香港的所作所为有关系。虽然他相信教皇不会反对他在香港产生的影响。在香港，他以天主教的社会教义为行动指南。

对中国天主教爱国会副主席对册封陈日君的动机感到怀疑一事，陈日君认为这样的说法很可笑，他已经给予了详尽的答复。幸运的是，这位天主教爱国会副主席并不是真正代表中国教会的人物。当然，他有一定的权力。他能控制教会，因为他是政府的一个工具。

陈日君说，中国天主教的两个互相隔阂的团体之间其实并没有什么问题。众所周知，双方都忠于教皇。困难在于，双方之间不能进行接触，因为政府要控制所有的教会运作。因此，重要的是教皇向两方面都伸出手，以达到教会统一的目的。中国政府最终将明白，所有的教会都是遵守法律，包括地下教会，因此没有理由来逮捕地下教会的人。这也是梵蒂冈和北京进行对话的根本前提。

梵蒂冈目前与台湾有外交关系。陈日君说，找到一个解决台湾问题的办法很重要，否则梵蒂冈就不可能与北京建立外交关系。但是，在此之前，教皇需要有一定的保证。中国必须保障充分的宗教自由。只有这样，梵蒂冈才能与台湾断交。没有这一保证，梵蒂冈不会与北京达成一致。