最新一期香港《亚洲周刊》发表报道，披露《南方周末》由于揭露青少年基金会诿过投资，结果在中宣部紧急通知下改版，已经印刷完毕的数十万份报纸全数作废，背后更有人借团派胡锦涛的名义向传媒施加压力，阻止更多内情被揭露。 对于《南方周末》文章的被“枪毙”，《亚洲周刊》写道：“ 问题不仅 仅是“有一些差错”，而是北京当局某些势力已经把政治和经济利益结合在一起，打“党的宣传纪律”旗号行包庇掩盖丑闻恶行之实。据了解，广东宣传部门对各地媒体的控制已经比以前更加严格，经常向媒体下发各种“禁令”，媒体负责人如果接到宣传部门连续三次警告，就撤职换人，主管刊物甚至要遭停刊整顿。”

《亚洲周刊》继续写道：“让媒体负责人噤若寒蝉的是，“对方打出了下一代领导人胡锦涛的旗号”。广东一位媒体高层表示：“你知道希望工程的主管机构青基会属（共青）团中央，现任理事长是团中央第一书记周强，团中央又是属胡锦涛系统，如果团中央受到牵连，胡锦涛的威信也会受到影响，你说谁敢动？”而这才是上述中宣部通知背后没有公开的内容。但据亚洲周刊获悉，胡锦涛办公室事先并不知悉这一事件以及青基会负责人狐假虎威与中宣部的通知一事。”

同一期的《亚洲周刊》评论版针对这一事件发表文章，题目是《香港媒体是新闻自由窗口》。文章说：“这些天海峡两岸新闻界波澜不断，台湾的《壹周刊》因报道国安局非法基金，遭检调人员搜查，十六万份刊物被没收。广州出版的《南方周末》也在出报前夜，因报道青基会违规挪用捐款，遭紧急撤换文章，数十万份报纸被毁。......在两岸政府针对传媒的狂风暴雨中，香港却能以弹丸之地，直指两岸传媒所不能指，直言两岸传媒所不敢言。《星岛日报》在台湾《壹周刊》之后，深入挖掘李登辉利用台湾国安局秘密专案基金对美游说的新闻，《明报》更从二月二十八日起对青基会事件深入调查，公布了大量资料。当两岸传媒自由受损之际，香港媒体拥有的新闻自由更引人注目。”

评论写道：“究竟什么是新闻自由，两岸的政府没有读懂，更不想读懂，但香港的媒体却在这次事件中读懂了。一九九七年之前，曾有很多人担心，作为新闻自由典范的香港，在回归之后即将失去它曾闪耀的自由徽章。但现在看来，香港媒体却正好在两岸三地发挥了一个突出的舆论监督作用。

评论最后说：“香港是中国的特别行政区，特区的意味恐怕不仅仅在经济上的独立、政治上的争鸣，还在于这里是一块华人言论的公共空间。香港以自己的特殊地位和特殊环境，为中国的舆论监督保有一个良好的空间。”